L'U-96 est connu pour son emblème, l'espadon rieur, que son premier commandant, Heinrich Lehmann-Willenbrock, promu à la tête de la 9e Flottille en , adopta également pour cette dernière. Le KapitänleutnantHeinrich Lehmann-Willenbrock, après avoir quitté le commandement de l'U-5 en , se vit confier en juin de la même année celui de l'U-96 sous-marin de type VII qui venait de sortir, en 1939, du chantier naval de Kiel. Après un entraînement de trois mois, l'U-96 fut déclaré opérationnel et fut affecté à la 7e Flottille à Saint-Nazaire. En trois patrouilles sous le commandement de Willenbrock, l'U-96 coula 125 580 tonneaux de navires ennemis. Il coula lors de la seule troisième patrouille sept navires représentant 49 490 tonneaux. Le , le bulletin radio Wehrmachtbericht (bulletin d'information quotidien des forces armées allemandes) annonça :
« Le sous-marin du Kapitänleutnant Lehmann-Willenbrock a contribué au grand succès de la force sous-marine avec 55 600 tonneaux coulés. Le Kapitänleutnant Lehmann-Willenbrock, dans un bref laps de temps, a coulé au total 125 580 tonneaux de navires ennemis. »
Durant l'année 1941, un correspondant de guerre du nom de Lothar-Günther Buchheim, alors Sonderführer (spécialiste civil ayant rang de lieutenant), rejoint l'U-96 pour sa septième patrouille. Ses ordres sont de photographier et de décrire l'U-Boot en action à des fins de propagande. D'après cette expérience, il écrira une nouvelle : « Die Eichenlaubfahrt » (Le voyage des feuilles de chêne) ; puis un roman en 1975 qui allait devenir un best-seller international : Das Boot (en français Le Styx), suivi de U-Bootkrieg (La guerre des sous-marins), U-Bootfahrer (les hommes du sous-marin) et Zu Tode Gesiegt (Vaincus à mort).
Le , au sud-est de l'Islande, par longitude Ouest 15.45 et latitude Nord de 60.04, la corvette britannique HMS Gladiolus attaque à la grenade sous-marine l'U-96. Pendant un temps, les Anglais estiment avoir coulé l'U-65. L'U-96 ne déplore aucun dégât de cette attaque.
Le , Lehmann-Willenbrock attaque le convoi OS-10 au clair de lune, en surface et à longue portée, coulant un navire. Le sloop d'escorte HMS Lulworth riposte au canon puis, le sous-marin ayant pris sa plongée, lui largue vingt-sept grenades sous-marines. Aucune n'explose à proximité de l'U-96, qui échappe au grenadage et poursuit sa patrouille.
En , l'U-96 croise par hasard en pleine tempête l'U-572 commandé par le Kapitäleutnant Heinz Hirsacker.
Le , alors qu'il tente de passer par le détroit de Gibraltar, l'U-96 est attaqué à 22 h 35 par un avion Swordfish britannique. Touché, l'U-96 plonge, fait surface le lendemain matin à 4 h 55 et rentre à Saint-Nazaire.
Le , l'U-96 est coulé par les bombes américaines dans le bassin de sous-marins de Wilhelmshaven à la position géographique de 53° 31′ N, 8° 10′ E[1]. De toute sa carrière, l'U-96 n'a déploré la mort d'aucun sous-marinier de son équipage.
Postérité
En 1981, Wolfgang Petersen porte le roman de Lothar-Günther Buchheim au grand écran avec le film allemand le plus cher de l'époque, Das Boot, acclamé par la critique comme l'un des meilleurs films de sous-marins.
Note : Oblt. = Oberleutnant zur See - Kptlt. = Kapitänleutnant
Opérations Wolfpack
L'U-96 a opéré avec les Wolfpacks (meutes de loup) durant sa carrière opérationnelle :
Hammer ( - )
Grönland ( - )
Kurfürst ( - )
Seewolf ( - )
Stosstrupp ( - )
Störtebecker ( - )
Benecke ( - )
Hecht ( - )
Stier ( - )
Vorwärts ( - )
Jaguar ( - )
Navires coulés
En tant que membre de la 7e Flottille basée en France à Saint-Nazaire, l'U-96 accomplit 11 patrouilles, coulant 28 navires pour un total de 190 094 tonneaux et en endommage quatre autres pour un total de 33 043 tonneaux[2] (425 jours en mer).