Il réalise sa première patrouille de guerre, appareillant du port de Kiel, le , sous les ordres du KapitänleutnantWalter Flachsenberg. Il rejoint la base sous-marine de Saint-Nazaire le après dix-neuf jours en mer.
Le , la corvette britannique HMS Gladiolus repère l'U-Boot en surface alors qu'il approche d'un convoi, ce qui le force à plonger. L' HMS Gladiolus lui lance trente grenades sous-marines en cinq passes avant d'être aidé par la corvette HMS Nasturtium qui lui jette six grenades sous-marines supplémentaires. L'U-71 s'échappe naviguant en surface. Il a reçu au moins un impact sur le kiosque provenant du HMS Gladiolus[réf. nécessaire].
Le , pendant l'attaque contre le convoi HG-75, l'U-71 attaque l'escorte par un tir de quatre torpilles, sans succès. L'escorte riposte avec des grenades anti-sous-marines pendant sept heures, endommageant l'U-Boot si violemment qu'il doit ajourner sa mission et retourner à son port d'attache.
Le à 15 heures 49 minutes, à environ 300 km au large de La Pallice, l'U-71 est visé par un avion australien Short S.25 Sunderland (Squadron 10/U), qui lui lance huit grenades sous-marines peu profondes, puis le mitraille à plusieurs reprises. L'U-Boot s'échappe en plongée, et retourne à La Pallice sous escorte d'un Schnellboot. Il est promptement réparé et retrouve la mer le . Deux heures après avoir attaqué l'U-71, le Sunderland est lui-même pris à partie par un avion Focke-Wulf Fw 200 Condor (I/KG 40), les deux avions subissant des dégâts. Deux membres de l'équipage du Sunderland sont légèrement blessés.
Le , à 6 heures 25 minutes, dans l'Atlantique, au sud du Groenland, l'U-71 est en observation du convoi ON-176 quand il est contraint de plonger par les tirs d'un destroyer. Ce dernier lui lance trente-huit grenades sous-marines, qui lui causent des dommages mineurs. L'U-Boot, subissant une plongée d'environ six heures, perd le contact avec le convoi.
L'Unterseeboot 71 a effectué dix patrouilles dans lesquelles il a coulé cinq navires marchands pour un total de 38 894 tonneaux et de 366 jours en mer.
Sa dixième patrouille commence le , quittant Saint-Nazaire, sous les ordres de l'Oberleutnant zur See Hardo Rodler von Roithberg et rejoint le port de Königsberg, 36 jours plus tard le .