L' U-50 est issu du programme 1937-1938 pour une nouvelle classe de sous-marins océaniques. Il est de type VII B construits entre 1936 et 1940. Sorti des chantiers de Friedrich Krupp Germaniawerft AG à Kiel, la quille du U-50 est posée le et il est lancé le . L'U-50 entre en service seulement un mois plus tard.
Il réalise sa première patrouille de combat, quittant le port d'Heligoland, le , sous le commandement du Kapitänleutnant Max-Hermann Bauer, pour l'Atlantique Nord et au large du Portugal. Il coule quatre navires marchands ennemis de 16 089 tonneaux. Lors de l'attaque du quatrième navire, l'U-50 casse l'un de ses moteurs diesel. La réparation en mer étant impossible, il retourne à Kiel le .
Lors de sa deuxième patrouille, l'U-50 prend part à l'opération Hartmut(en), pour la protection des troupes allemandes lors de l'invasion de la Norvège.
Durant cette opération, l'U-50 est rattaché au groupe no 5, faisant équipe avec le U-47 du KapitänleutnantGünther Prien. Il quitte Kiel le .
L'U-50 traverse un champ de mines et coule le en mer du Nord au nord de Terschelling. Sa position exacte, inconnue, se situe approximativement à la position géographique de 54° 14′ N, 5° 07′ E. Les 44 membres d'équipage meurent dans ce naufrage.
Ces mines ont été posées par les destroyers alliés HMS Express, Esk, Icarus et Impulsive dans la mer du Nord, le et formaient le champ de mines britannique no 7. Elles sont probablement responsables de la destruction de l'U-50 ainsi que plusieurs autres sous-marins en route de retour à leurs ports.
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