Il réalise sa première patrouille, quittant le port d'Heligoland le sous les ordres du Kapitänleutnant Heinrich Brodda. Après 18 jours de mer, l'U-209 rejoint le port de Kirkenes qu'il atteint le .
L'Unterseeboot 209 a effectué sept patrouilles dans lesquelles il a coulé quatre navires marchands pour un total de 1 356 tonneaux au cours de 157 jours en mer.
Sa septième patrouille commence à Kiel le toujours sous les ordres du Kapitänleutnant Heinrich Brodda. Après 32 jours en mer, l'U-209 est porté disparu le dans l'Atlantique Nord à la position géographique de 52° N, 38° O,
Il a été probablement perdu dans un accident de plongée après les dommages occasionnés le dans une attaque par un avion PBY Catalina canadien (RCAF Squadron NOS 5/W).
Les 46 membres d'équipage sont également portés disparus.
Chris Bishop, historien militaire (trad. de l'anglais par Christian Muguet), Les sous-marins de la Kriegsmarine : 1939-1945 : le guide d'identification des sous-marins [« The spellmount submarine identification guide : Kriegsmarine U-boats 1939-1945 »], Paris, Éd. de Lodi, , 192 p. (ISBN978-2-84690-327-1, OCLC470721805, BNF41298980)