Il réalise sa première patrouille de guerre, quittant le port de Wilhelmshaven, le , sous les ordres du KapitänleutnantWilhelm Fröhlich et rejoint Kiel sept jours plus tard, soit le . Il repart le lendemain pour naviguer le long des côtes écossaises et retourne à Kiel le , soit 24 jours en mer.
Le , le sous-marin britannique HMS Seahorse manque de peu de couler l'U-36 par un tir de trois torpilles. Le sous-marin venait de contrôler un bateau à vapeur danois neutre. Chanceux, l'une des torpilles est passée sous le bateau.
L'U-36 a coulé deux navires marchands pour un total de 2 813 tonneaux et endommagé un navire marchand de 1 617 tonneaux lors de ses deux patrouilles (27 jours en mer).
↑(en) Tobias R. Philbin III, The Lure of Neptune : German-Soviet Naval Collaboration and Ambitions, 1919–1941, University of South Carolina Press, , 220 p. (ISBN978-0-87249-992-8, présentation en ligne), p. 96
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