Pour sa seconde et fatale patrouille, il quitte la base sous-marine de La Rochelle le toujours sous les ordres du Kapitänleutnant Klaus Köpke. Après 31 jours en mer, l'U-259 est coulé le en Méditerranée au nord d'Alger à la position géographique de 37° 20′ N, 3° 05′ E par des charges de profondeur lancées d'un bombardier Lockheed Hudson britannique (Squadron 500/S).
Les 48 membres d'équipage meurent dans cette attaque.
L'une des charges sous-marines lancées par l'avion explose au contact de l'U-Boot, touchant l'avion et forçant l'équipage à amerrir. Le pilote et un membre d'équipage sont secourus par les sloops britanniques HMS Erne et HMS Leith[1].
Chris Bishop, historien militaire (trad. de l'anglais par Christian Muguet), Les sous-marins de la Kriegsmarine : 1939-1945 : le guide d'identification des sous-marins [« The spellmount submarine identification guide : Kriegsmarine U-boats 1939-1945 »], Paris, E?d. de Lodi, , 192 p. (ISBN978-2-84690-327-1, OCLC470721805, BNF41298980)
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