L'U-553 est porté disparu, coulé dans l'Atlantique nord en janvier 1943. Le sous-marin a envoyé son dernier message par radio le : Sehrohr unklar (périscope obstrué). Il ne donne plus aucune information après celui-ci.
Les quarante-sept membres de l'équipage meurent dans cette disparition.
L'U-553 a coulé 13 navires marchands pour un total de 64 612 tonneaux et a endommagé 2 navires marchands de 15 273 tonneaux au cours des 10 patrouilles qu'il effectua.
L'U-553 en littérature
L'écrivain Neal Stephenson a utilisé le nom de ce sous-marin dans son roman de science-fiction Cryptonomicon, et spécialement dans le tome 1 Le Code Énigma. En effet, ce sous-marin, qui dans la réalité a été détruit dans des circonstances inconnues, permet à l'auteur d'imaginer qu'il s'est échoué sur les côtes britanniques et qu'il a servi aux Alliés pour découvrir des codes secrets de la flotte allemande.