PROFILPELAJAR.COM

KDM5D
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2E6R, 2YQE
Ідентифікатори
Символи	KDM5D, HY, HYA, JARID1D, SMCY, lysine demethylase 5D
Зовнішні ІД	OMIM: 426000 MGI: 99780 HomoloGene: 55838 GeneCards: KDM5D
Онтологія гена
Молекулярна функція	• histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity; • DNA binding; • oxidoreductase activity; • dioxygenase activity; • зв'язування з іоном металу; • histone demethylase activity; • androgen receptor binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; • chromatin binding; • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity; • methylated histone binding;
Клітинна компонента	• клітинне ядро; • нуклеоплазма; • fibrillar center; • компонент клітини; • histone methyltransferase complex;
Біологічний процес	• histone H3-K4 demethylation; • T cell antigen processing and presentation; • transcription, DNA-templated; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • regulation of androgen receptor signaling pathway; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific; • ремоделювання хроматину;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	8284
	20592
	ENSG00000012817
	ENSMUSG00000056673
	Q9BY66
	Q62240
	NM_001146705; NM_001146706; NM_004653
	NM_011419
	NP_001140177; NP_001140178; NP_004644
	NP_035549
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

KDM5D (англ. Lysine demethylase 5D) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на Y-хромосомі.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 539 амінокислот, а молекулярна маса — 174 073^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEPGCDEFLP	PPECPVFEPS	WAEFQDPLGY	IAKIRPIAEK	SGICKIRPPA
DWQPPFAVEV	DNFRFTPRVQ	RLNELEAQTR	VKLNYLDQIA	KFWEIQGSSL
KIPNVERKIL	DLYSLSKIVI	EEGGYEAICK	DRRWARVAQR	LHYPPGKNIG
SLLRSHYERI	IYPYEMFQSG	ANHVQCNTHP	FDNEVKDKEY	KPHSIPLRQS
VQPSKFSSYS	RRAKRLQPDP	EPTEEDIEKH	PELKKLQIYG	PGPKMMGLGL
MAKDKDKTVH	KKVTCPPTVT	VKDEQSGGGN	VSSTLLKQHL	SLEPCTKTTM
QLRKNHSSAQ	FIDSYICQVC	SRGDEDDKLL	FCDGCDDNYH	IFCLLPPLPE
IPRGIWRCPK	CILAECKQPP	EAFGFEQATQ	EYSLQSFGEM	ADSFKSDYFN
MPVHMVPTEL	VEKEFWRLVS	SIEEDVTVEY	GADIHSKEFG	SGFPVSNSKQ
NLSPEEKEYA	TSGWNLNVMP	VLDQSVLCHI	NADISGMKVP	WLYVGMVFSA
FCWHIEDHWS	YSINYLHWGE	PKTWYGVPSL	AAEHLEEVMK	MLTPELFDSQ
PDLLHQLVTL	MNPNTLMSHG	VPVVRTNQCA	GEFVITFPRA	YHSGFNQGYN
FAEAVNFCTA	DWLPAGRQCI	EHYRRLRRYC	VFSHEELICK	MAAFPETLDL
NLAVAVHKEM	FIMVQEERRL	RKALLEKGVT	EAEREAFELL	PDDERQCIKC
KTTCFLSALA	CYDCPDGLVC	LSHINDLCKC	SSSRQYLRYR	YTLDELPTML
HKLKIRAESF	DTWANKVRVA	LEVEDGRKRS	FEELRALESE	ARERRFPNSE
LLQRLKNCLS	EVEACIAQVL	GLVSGQVARM	DTPQLTLTEL	RVLLEQMGSL
PCAMHQIGDV	KDVLEQVEAY	QAEAREALAT	LPSSPGLLRS	LLERGQQLGV
EVPEAHQLQQ	QVEQAQWLDE	VKQALAPSAH	RGSLVIMQGL	LVMGAKIASS
PSVDKARAEL	QELLTIAERW	EEKAHFCLEA	RQKHPPATLE	AIIRETENIP
VHLPNIQALK	EALTKAQAWI	ADVDEIQNGD	HYPCLDDLEG	LVAVGRDLPV
GLEELRQLEL	QVLTAHSWRE	KASKTFLKKN	SCYTLLEVLC	PCADAGSDST
KRSRWMEKAL	GLYQCDTELL	GLSAQDLRDP	GSVIVAFKEG	EQKEKEGILQ
LRRTNSAKPS	PLAPSLMASS	PTSICVCGQV	PAGVGVLQCD	LCQDWFHGQC
VSVPHLLTSP	KPSLTSSPLL	AWWEWDTKFL	CPLCMRSRRP	RLETILALLV
ALQRLPVRLP	EGEALQCLTE	RAIGWQDRAR	KALASEDVTA	LLRQLAELRQ
QLQAKPRPEE	ASVYTSATAC	DPIREGSGNN	ISKVQGLLEN	GDSVTSPENM
APGKGSDLEL	LSSLLPQLTG	PVLELPEAIR	APLEELMMEG	DLLEVTLDEN
HSIWQLLQAG	QPPDLDRIRT	LLELEKFEHQ	GSRTRSRALE	RRRRRQKVDQ
GRNVENLVQQ	ELQSKRARSS	GIMSQVGREE	EHYQEKADRE	NMFLTPSTDH
SPFLKGNQNS	LQHKDSGSSA	ACPSLMPLLQ	LSYSDEQQL

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, регуляторів хроматину. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Agulnik A.I., Bishop C.E., Lerner J.L., Agulnik S.I., Solovyev V.V. (1997). Analysis of mutation rates in the SMCY/SMCX genes shows that mammalian evolution is male driven. Mamm. Genome. 8: 134—138. PMID 9060413 DOI:10.1007/s003359900372
Lee M.G., Norman J., Shilatifard A., Shiekhattar R. (2007). Physical and functional association of a trimethyl H3K4 demethylase and Ring6a/MBLR, a polycomb-like protein. Cell. 128: 877—887. PMID 17320162 DOI:10.1016/j.cell.2007.02.004
Akimoto C., Kitagawa H., Matsumoto T., Kato S. (2008). Spermatogenesis-specific association of SMCY and MSH5. Genes Cells. 13: 623—633. PMID 18459961 DOI:10.1111/j.1365-2443.2008.01193.x

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11115 (англ.) . Процитовано 13 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q9BY66 (англ.) . Архів оригіналу за 12 жовтня 2016. Процитовано 13 вересня 2017.