ARID1A
ARID1A
Ідентифікатори
Символи
ARID1A , B120, BAF250, BAF250a, BM029, C1orf4, ELD, MRD14, OSA1, P270, SMARCF1, hELD, hOSA1, CSS2, AT-rich interaction domain 1A
Зовнішні ІД
OMIM : 603024 MGI: 1935147 HomoloGene: 21216 GeneCards: ARID1A
Пов'язані генетичні захворювання
Coffin-Siris syndrome 2 , liver carcinoma [ 1]
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • nuclear receptor binding • nucleosome binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• nBAF complex • SWI/SNF complex • нуклеоплазма • npBAF complex • клітинне ядро • SWI/SNF superfamily-type complex • brahma complex
Біологічний процес
• androgen receptor signaling pathway • ремоделювання хроматину • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • cardiac muscle cell differentiation • optic cup formation involved in camera-type eye development • placenta blood vessel development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • toxin transport • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • transcription, DNA-templated • нейробіологія розвитку • cardiac chamber development • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • neural tube closure • nucleosome disassembly • forebrain development • intracellular estrogen receptor signaling pathway • glucocorticoid receptor signaling pathway • formation of primary germ layer • гаструляція • embryo implantation • stem cell population maintenance
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 1: 26.69 – 26.78 Mb
Хр. 4: 133.68 – 133.76 Mb
PubMed search
[ 2]
[ 3] Вікідані
ARID1A (англ. AT-rich interaction domain 1A ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [ 4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 285 амінокислот , а молекулярна маса — 242 045[ 5] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MAAQVAPAAA SSLGNPPPPP PSELKKAEQQ QREEAGGEAA AAAAAERGEM
KAAAGQESEG PAVGPPQPLG KELQDGAESN GGGGGGGAGS GGGPGAEPDL
KNSNGNAGPR PALNNNLTEP PGGGGGGSSD GVGAPPHSAA AALPPPAYGF
GQPYGRSPSA VAAAAAAVFH QQHGGQQSPG LAALQSGGGG GLEPYAGPQQ
NSHDHGFPNH QYNSYYPNRS AYPPPAPAYA LSSPRGGTPG SGAAAAAGSK
PPPSSSASAS SSSSSFAQQR FGAMGGGGPS AAGGGTPQPT ATPTLNQLLT
SPSSARGYQG YPGGDYSGGP QDGGAGKGPA DMASQCWGAA AAAAAAAAAS
GGAQQRSHHA PMSPGSSGGG GQPLARTPQP SSPMDQMGKM RPQPYGGTNP
YSQQQGPPSG PQQGHGYPGQ PYGSQTPQRY PMTMQGRAQS AMGGLSYTQQ
IPPYGQQGPS GYGQQGQTPY YNQQSPHPQQ QQPPYSQQPP SQTPHAQPSY
QQQPQSQPPQ LQSSQPPYSQ QPSQPPHQQS PAPYPSQQST TQQHPQSQPP
YSQPQAQSPY QQQQPQQPAP STLSQQAAYP QPQSQQSQQT AYSQQRFPPP
QELSQDSFGS QASSAPSMTS SKGGQEDMNL SLQSRPSSLP DLSGSIDDLP
MGTEGALSPG VSTSGISSSQ GEQSNPAQSP FSPHTSPHLP GIRGPSPSPV
GSPASVAQSR SGPLSPAAVP GNQMPPRPPS GQSDSIMHPS MNQSSIAQDR
GYMQRNPQMP QYSSPQPGSA LSPRQPSGGQ IHTGMGSYQQ NSMGSYGPQG
GQYGPQGGYP RQPNYNALPN ANYPSAGMAG GINPMGAGGQ MHGQPGIPPY
GTLPPGRMSH ASMGNRPYGP NMANMPPQVG SGMCPPPGGM NRKTQETAVA
MHVAANSIQN RPPGYPNMNQ GGMMGTGPPY GQGINSMAGM INPQGPPYSM
GGTMANNSAG MAASPEMMGL GDVKLTPATK MNNKADGTPK TESKSKKSSS
STTTNEKITK LYELGGEPER KMWVDRYLAF TEEKAMGMTN LPAVGRKPLD
LYRLYVSVKE IGGLTQVNKN KKWRELATNL NVGTSSSAAS SLKKQYIQCL
YAFECKIERG EDPPPDIFAA ADSKKSQPKI QPPSPAGSGS MQGPQTPQST
SSSMAEGGDL KPPTPASTPH SQIPPLPGMS RSNSVGIQDA FNDGSDSTFQ
KRNSMTPNPG YQPSMNTSDM MGRMSYEPNK DPYGSMRKAP GSDPFMSSGQ
GPNGGMGDPY SRAAGPGLGN VAMGPRQHYP YGGPYDRVRT EPGIGPEGNM
STGAPQPNLM PSNPDSGMYS PSRYPPQQQQ QQQQRHDSYG NQFSTQGTPS
GSPFPSQQTT MYQQQQQNYK RPMDGTYGPP AKRHEGEMYS VPYSTGQGQP
QQQQLPPAQP QPASQQQAAQ PSPQQDVYNQ YGNAYPATAT AATERRPAGG
PQNQFPFQFG RDRVSAPPGT NAQQNMPPQM MGGPIQASAE VAQQGTMWQG
RNDMTYNYAN RQSTGSAPQG PAYHGVNRTD EMLHTDQRAN HEGSWPSHGT
RQPPYGPSAP VPPMTRPPPS NYQPPPSMQN HIPQVSSPAP LPRPMENRTS
PSKSPFLHSG MKMQKAGPPV PASHIAPAPV QPPMIRRDIT FPPGSVEATQ
PVLKQRRRLT MKDIGTPEAW RVMMSLKSGL LAESTWALDT INILLYDDNS
IMTFNLSQLP GLLELLVEYF RRCLIEIFGI LKEYEVGDPG QRTLLDPGRF
SKVSSPAPME GGEEEEELLG PKLEEEEEEE VVENDEEIAF SGKDKPASEN
SEEKLISKFD KLPVKIVQKN DPFVVDCSDK LGRVQEFDSG LLHWRIGGGD
TTEHIQTHFE SKTELLPSRP HAPCPPAPRK HVTTAEGTPG TTDQEGPPPD
GPPEKRITAT MDDMLSTRSS TLTEDGAKSS EAIKESSKFP FGISPAQSHR
NIKILEDEPH SKDETPLCTL LDWQDSLAKR CVCVSNTIRS LSFVPGNDFE
MSKHPGLLLI LGKLILLHHK HPERKQAPLT YEKEEEQDQG VSCNKVEWWW
DCLEMLRENT LVTLANISGQ LDLSPYPESI CLPVLDGLLH WAVCPSAEAQ
DPFSTLGPNA VLSPQRLVLE TLSKLSIQDN NVDLILATPP FSRLEKLYST
MVRFLSDRKN PVCREMAVVL LANLAQGDSL AARAIAVQKG SIGNLLGFLE
DSLAATQFQQ SQASLLHMQN PPFEPTSVDM MRRAARALLA LAKVDENHSE
FTLYESRLLD ISVSPLMNSL VSQVICDVLF LIGQS
Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину , фосфопротеїнів .
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція , регуляція транскрипції , нейрогенез, поліморфізм, ацетиляція.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
Література
Takeuchi T., Chen B.-K., Qiu Y., Sonobe H., Ohtsuki Y. (1997). Molecular cloning and expression of a novel human cDNA containing CAG repeats. Gene . 204 : 71—77. PMID 9434167 DOI :10.1016/S0378-1119(97)00525-8
Lemon B., Inouye C., King D.S., Tjian R. (2001). Selectivity of chromatin-remodelling cofactors for ligand-activated transcription. Nature . 414 : 924—928. PMID 11780067 DOI :10.1038/414924a
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization . Nat. Biotechnol . 24 : 1285—1292. PMID 16964243 DOI :10.1038/nbt1240
Martens J.A., Winston F. (2003). Recent advances in understanding chromatin remodeling by SWI/SNF complexes. Curr. Opin. Genet. Dev . 13 : 136—142. PMID 12672490 DOI :10.1016/S0959-437X(03)00022-4
Kim S., Zhang Z., Upchurch S., Isern N., Chen Y. (2004). Structure and DNA-binding sites of the SWI1 AT-rich interaction domain (ARID) suggest determinants for sequence-specific DNA recognition. J. Biol. Chem . 279 : 16670—16676. PMID 14722072 DOI :10.1074/jbc.M312115200
Hurlstone A.F., Olave I.A., Barker N., van Noort M., Clevers H. (2002). Cloning and characterization of hELD/OSA1, a novel BRG1 interacting protein. Biochem. J . 364 : 255—264. PMID 11988099
Примітки
Див. також
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші