KDM5C
KDM5C
|
---|
|
| Ідентифікатори
|
---|
Символи
| KDM5C, DXS1272E, JARID1C, MRX13, MRXJ, MRXSCJ, MRXSJ, SMCX, XE169, lysine demethylase 5C |
---|
Зовнішні ІД |
OMIM: 314690 MGI: 99781 HomoloGene: 79498 GeneCards: KDM5C
|
---|
| Пов'язані генетичні захворювання |
---|
syndromic X-linked intellectual disability Claes-Jensen type, X-linked intellectual disability[1] |
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція |
• DNA binding • oxidoreductase activity • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • histone demethylase activity • zinc ion binding • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity • methylated histone binding
|
---|
Клітинна компонента |
• клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • histone methyltransferase complex
|
---|
Біологічний процес |
• GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • ритмічний процес • response to toxic substance • histone H3-K4 demethylation • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific • ремоделювання хроматину
|
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | | Шаблон експресії |
---|
|
Більше даних
| Ортологи |
---|
Види |
Людина |
Миша |
---|
Entrez | |
|
---|
Ensembl |
|
|
---|
UniProt |
|
|
---|
RefSeq (мРНК) |
| |
---|
RefSeq (білок) |
| |
---|
Локус (UCSC) |
Хр. X: 53.18 – 53.23 Mb
| Хр. X: 151.02 – 151.06 Mb
|
---|
PubMed search |
[2]
| [3] |
---|
Вікідані | |
KDM5C (англ. Lysine demethylase 5C) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 560 амінокислот, а молекулярна маса — 175 720[5].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MEPGSDDFLP | | PPECPVFEPS | | WAEFRDPLGY | | IAKIRPIAEK | | SGICKIRPPA |
DWQPPFAVEV | | DNFRFTPRIQ | | RLNELEAQTR | | VKLNYLDQIA | | KFWEIQGSSL |
KIPNVERRIL | | DLYSLSKIVV | | EEGGYEAICK | | DRRWARVAQR | | LNYPPGKNIG |
SLLRSHYERI | | VYPYEMYQSG | | ANLVQCNTRP | | FDNEEKDKEY | | KPHSIPLRQS |
VQPSKFNSYG | | RRAKRLQPDP | | EPTEEDIEKN | | PELKKLQIYG | | AGPKMMGLGL |
MAKDKTLRKK | | DKEGPECPPT | | VVVKEELGGD | | VKVESTSPKT | | FLESKEELSH |
SPEPCTKMTM | | RLRRNHSNAQ | | FIESYVCRMC | | SRGDEDDKLL | | LCDGCDDNYH |
IFCLLPPLPE | | IPKGVWRCPK | | CVMAECKRPP | | EAFGFEQATR | | EYTLQSFGEM |
ADSFKADYFN | | MPVHMVPTEL | | VEKEFWRLVN | | SIEEDVTVEY | | GADIHSKEFG |
SGFPVSDSKR | | HLTPEEEEYA | | TSGWNLNVMP | | VLEQSVLCHI | | NADISGMKVP |
WLYVGMVFSA | | FCWHIEDHWS | | YSINYLHWGE | | PKTWYGVPSL | | AAEHLEEVMK |
KLTPELFDSQ | | PDLLHQLVTL | | MNPNTLMSHG | | VPVVRTNQCA | | GEFVITFPRA |
YHSGFNQGYN | | FAEAVNFCTA | | DWLPAGRQCI | | EHYRRLRRYC | | VFSHEELICK |
MAACPEKLDL | | NLAAAVHKEM | | FIMVQEERRL | | RKALLEKGIT | | EAEREAFELL |
PDDERQCIKC | | KTTCFLSALA | | CYDCPDGLVC | | LSHINDLCKC | | SSSRQYLRYR |
YTLDELPAML | | HKLKVRAESF | | DTWANKVRVA | | LEVEDGRKRS | | LEELRALESE |
ARERRFPNSE | | LLQQLKNCLS | | EAEACVSRAL | | GLVSGQEAGP | | HRVAGLQMTL |
TELRAFLDQM | | NNLPCAMHQI | | GDVKGVLEQV | | EAYQAEAREA | | LASLPSSPGL |
LQSLLERGRQ | | LGVEVPEAQQ | | LQRQVEQARW | | LDEVKRTLAP | | SARRGTLAVM |
RGLLVAGASV | | APSPAVDKAQ | | AELQELLTIA | | ERWEEKAHLC | | LEARQKHPPA |
TLEAIIREAE | | NIPVHLPNIQ | | ALKEALAKAR | | AWIADVDEIQ | | NGDHYPCLDD |
LEGLVAVGRD | | LPVGLEELRQ | | LELQVLTAHS | | WREKASKTFL | | KKNSCYTLLE |
VLCPCADAGS | | DSTKRSRWME | | KELGLYKSDT | | ELLGLSAQDL | | RDPGSVIVAF |
KEGEQKEKEG | | ILQLRRTNSA | | KPSPLASSST | | ASSTTSICVC | | GQVLAGAGAL |
QCDLCQDWFH | | GRCVSVPRLL | | SSPRPNPTSS | | PLLAWWEWDT | | KFLCPLCMRS |
RRPRLETILA | | LLVALQRLPV | | RLPEGEALQC | | LTERAISWQG | | RARQALASED |
VTALLGRLAE | | LRQRLQAEPR | | PEEPPNYPAA | | PASDPLREGS | | GKDMPKVQGL |
LENGDSVTSP | | EKVAPEEGSG | | KRDLELLSSL | | LPQLTGPVLE | | LPEATRAPLE |
ELMMEGDLLE | | VTLDENHSIW | | QLLQAGQPPD | | LERIRTLLEL | | EKAERHGSRA |
RGRALERRRR | | RKVDRGGEGD | | DPAREELEPK | | RVRSSGPEAE | | EVQEEEELEE |
ETGGEGPPAP | | IPTTGSPSTQ | | ENQNGLEPAE | | GTTSGPSAPF | | STLTPRLHLP |
CPQQPPQQQL |
Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза.
Локалізований у ядрі.
Література
Примітки
Див. також
|
---|
(1) Основні домени |
---|
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
---|
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
---|
(1.4) NF-1 | |
---|
(1.5) RF-X | |
---|
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
---|
|
| (2) Цинк-координовані домени ДНК |
---|
(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | підродина 1 | |
---|
підродина 2 | |
---|
підродина 3 | |
---|
підродина 4 | |
---|
підродина 5 | |
---|
підродина 6 | |
---|
підродина 0 | |
---|
|
---|
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
---|
(2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
---|
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
---|
(2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
---|
(2.6) WRKY | |
---|
|
| (3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
---|
(3.1) Гомеобокс | |
---|
(3.2) Парний бокс | |
---|
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
---|
(3.4) Фактори теплового шоку | |
---|
(3.5) Триптофановий кластер | |
---|
(3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
---|
|
| (4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
---|
(4.1) RHR | |
---|
(4.2) STAT | |
---|
(4.3) p53 | |
---|
(4.4) MADS | |
---|
(4.6) TATA | |
---|
(4.7) Високомобільна група | |
---|
(4.9) Grainyhead | |
---|
(4.10) Домен холодового шоку | |
---|
(4.11) Runt | |
---|
|
| (0) Інші фактори транскрипції |
---|
(0.2) HMGI(Y) | |
---|
(0.3) Pocket домен | |
---|
(0.5) AP2/EREBP-подібні | |
---|
(0.6) Інші | |
---|
|
|
|
|