Las fòrmas ancianas son Mercurianum en 782, Ecclesia Sancti Genesii de Mercuriniano, ... villa Mercuriniani en 1124, castrum de Mercuriniano en 1159, Mercurinhanum en 1188, Mercorinhanum en 1271, Mercurignanum en 1301, Ecclesia de Marcurinhano en 1347, Moncurinhanum en 1377, Mercorynhan en 1402, Mercozinhan [dissimilacion] en 1416, Mercurinhan al sègle XIV, Mercorynha en 1537, le chasteau de Mercoire en 1585, Marcorinan en 1266-1589, Marcorinian en 1647, Marcourignan en 1768, Marcorignan en 1781. La prononciacion occitana es Marcourignà[1] (grafia de l'abat Sabarthès, donc [markuri'ɲa].
Marcorinhan vendriá d'un nom latin d'òme *Mercurinius, derivat de Mercurius, ambe'l sufixe latin -anum[2]. Lo passatge de Mer- a Mar- es atestat dempuèi lo sègle XIV.
Abans la refòrma cantonala de 2014, aplicada en 2015, la comuna èra del canton de Narbona Oèst; es ara del canton du Sud-Minervois (en francés), donc del Menerbés Sud.