Dum la antaŭhispana periodo la areo, kie nun estas San Juan estis parto de regno. En 1602 la dominikanoj konstruis fortikaĵeton en la ĉirkaŭaĵo, poste ŝtonan preĝejon kaj aliajn konstruaĵojn. La oficiala fondo okazis en 1623. La hispana regado finiĝis dum la filipina revolucio, ĝi komenciĝis ĉe San Juan en 1896. Post kelkaj jaroj dominado de Usono komenciĝis, ili ŝanĝis la administrajn limojn de la komunumo en 1901. Inter 1942-1945 la japanoj regis. En la 1960-aj jaroj San Juan atingis la internacian kriterion urbego (pli granda, ol cent mil) kaj urbiĝis en 2007 laŭ la filipina kriterio. En 2020 San Juan kun la tuta Manila Metropolo estis metitaj sub kvaranteno dum unu monato pro la kronvirusa pandemio.
Ekonomio
San Juan havas multe da vendejegoj, la loĝantoj plej ofte laboras en la najbaraj urboj.
Religio kaj eduko
La domina religio en San Juan estas la katolika. La politeknika universitato havas kampuson en la urbego.
Trafiko
San Juan havas densajn vojligojn al la najbaraj urbegoj.
Klimato
San Juan situas en la ekvatora klimato kun efiko de musono. Jare pluvas po 1005 mm. En ĉiuj monatoj pluvas, tamen inter majo-oktobro pli ofte. La averaĝa jara temperaturo varias inter 23-31 °C. Ne estas grandaj diferencoj inter la monatoj.