또한 1990년대엔 구형 무궁화호 객차에 한해 개량 사업을 하였는데, 개량 사업으로 인해 기존의 수동문에서 자동문으로 개조되었고 일명 폭탄객차는 객실 대수선으로 객차내 좌석도 2×3배열에서 2×2배열 교체되긴 했지만, 당시 출입문 개량 사업에서 제외된 객차는 통일호로 격하됐다.
KTX가 개통되기 전까지는 특실이 편성됐으며 무궁화호의 장대열차 편성이 많았다. 이 당시에 무궁화호 야간열차는 1호차에 침대차를 편성했다.
7300호대, 7400호대 2대를 총괄제어하여 객차만 10량 이상으로써 편성된 장대 무궁화호가 주요 간선철도 노선들인 경부선, 호남선, 전라선에 자주 편성됐으나 KTX가 개통된 이후에 무궁화호 정기열차로는 장대 무궁화호가 사라졌다. 그러나 경부선 서울~부산 무궁화에 한하여 2010년대 후반까지 객차 8~10량 편성의 무궁화호 정기 여객편성이 있다.
다만 다시 한 번 열차 시간표가 개정된 2004년7월 15일에는 전라선에 한정해 왕복 1편성이 7300호대, 7400호대 2대를 총괄제어하여 객차만 10량 이상인 장대 무궁화호가 다녔지만 2006년11월 6일에 열차 시간표가 개정된 이후로는 다시 폐지되어 장대 무궁화호는 정기열차에서 더 이상 볼 수 없게 됐다.
설날이나 추석같은 명절날은 2007년 추석날까진 대수송기간 임시열차로 나왔으며 그 이후론 지금까지는 간간히 임시 관광열차에만 객차가 10량 이상의 무궁화호 장대열차가 나왔으나 차령 만료로 일부 객차가 폐차된 현재로서는 현존한 객차의 부족으로 더 이상 장대 편성하지 않고 있다.
또한 2004년KTX가 개통되고 통일호가 폐지됨에 따라 무궁화호가 완행의 기능을 담당하게 됐다.
하지만 모든 열차가 각역정차는 아니며, 주요 노선에서는 열차마다 정차역을 달리한 선택정차를 하여 소요 시간은 떨어뜨리지 않으면서 최대한 많은 역에 정차하도록 운영되고 있다.
일반적으로 장거리를 운행한 열차의 경우 급행열차로, 주요역 정차/단거리를 운행하는 열차가 모든 역을 정차하는 완행열차로 편성되고 있다.
1열 4석의 좌석이 배열된 무궁화호 객차는 그 종류가 매우 다양하다. 1977년에 최초로 제작되었으며 2003년까지 생산됐다. 특실 전용 객차, PC방 객차, 장애인 객차, 바둑 객차, 유아 객차(놀이방 객차), 구형 카페객차,스넥카, 놀이방&스낵카 , 예식장 객차, 식당차 등이 존재하였다. 또한 무궁화호 객차의 연식에 따라 제조사도 4개사가 있으며 무궁화호 객차의 제조사엔 각각 탕엥산, 대우산, 한진산, 디자인리미트산이 존재한다. 무궁화호 객차의 연식별 종류로는 1980년대 초반까지 제작된 객차는 무궁화호 탕엥 객차, 원래 직각 새마을호였지만 훗날에 무궁화호로 격하된 직각 무궁화호 객차, 직각 새마을호와 똑같이 도입 당시엔 새마을호였지만 새로운 객차형 새마을호 장대형 객차와 새마을호 PP동차의 본격적인 도입으로 일부열차가 직각새마을호와 똑같이 무궁화호로 격하된 구특전 무궁화호객차, 1985년에서 1989년에 생산되어 대수선을 거친 무궁화호 대수선 객차, 1989년에서 1993년까지 생산된 무궁화호 2X3배열 좌석개조객차, 1994년에서 1996년까지 생산된 무궁화호 일반실 클래식 디자인형 객차, 1996년에서 1997년까지 생산된 무궁화호 나뭇결 초기형 객차, 1997년에서 1999년까지 생산된 나뭇결 후기형 객차, 2000년에서 2002년까지 생산된 디자인리미트사의 무궁화호 리미트 초기형객차와 무궁화호의 현재 최후반연식인 2003년에 제작된 디자인리미트사의 무궁화호 리미트 후기형 객차까지 한국철도의 열차등급들 중 가장 많은 열차종류를 가지고 있다.
2024년 기준 존재한 제일 오래된 객차다. 무궁화호 객차로서는 최초로 자동 승강문이 장착됐으며, 객실과 통로 간 출입문의 창문 또한 종전의 투명 유리에서 반투명 유리로 변경됐다.
나뭇결 초기형
외관은 클래식 객차와 비슷하나, 내부 인테리어가 일부 변경되었다. 제일 큰 차이점으로 내부 벽면에 나뭇결 시트지가 부착되었다. 이 객차가 나뭇결 객차로 불리는 이유 또한 이 나뭇결 시트지 때문이다. 선반의 테두리, 그러니까 좌석표가 부착되는 부분이 부식무늬가 입혀진 금속 재질에서 주황색으로 변경되었다.
나뭇결 후기형
초기형에 비해 내부 인테리어가 많이 달라졌다. 내부 조명이 기존의 직접조명 방식에서 간접조명 방식으로 변경되었고, 객실 구석 좌석 (1, 3, 69, 71번 좌석)에 콘센트가 설치되었다. 창문 또한 초기형보다 가로로 넓어졌다.
리미트 초기형
기존 객차에 비해 내부 인테리어가 확연히 달라졌다. 객실과 통로 사이를 오가는 문이 자동문으로 변경되었고, 객실과 통로 간 벽 또한 격벽에서 유리벽으로 변경되었다. 기존에 비해 출입문이 넓어졌다. 다만 출입문 갯수는 기존의 4개에서 2개로 줄었다. 냉방장치 위치가 상부에서 하부로 변경되었으나, 추후 심한 결함이 발생해 에어덕트를 삭부로 연장했고 가정용 벽걸이 에어컨이 추가적으로 설치되었다. 천장 또한 KTX-I과 유사하게 설계되었다. 선반은 기존의 금속 선반과 달리 푸른색 아크릴 선반이 장착되었다.
무궁화호의 경우 새마을호보다는 급이 낮은 열차로, 식당차를 모든 편성에 연결하지 못하였다. 경부선의 일부 열차와 호남선, 전라선의 식사 시간대 일부 열차, 중앙선과 태백선을 경유하던 청량리-동해간 우등형 전기 동차(EEC)에 연결되었다. 또한 유선형 새마을호의 무궁화호 특실 격하로 인한 연결도 있었다.
일반적으로 무궁화호는 모든 열차에서 녹음된 안내방송을 재생하는 자동 안내방송과 승무원이 직접 실시하는 육성 안내방송을 혼합하여 시행하고 있으나, 중단거리를 주로 운행하였던 무궁화호 디젤 동차나 그 후속인 무궁화호로 개조된 통근형 디젤 동차에서는 자동 안내방송 장비를 탑재하지 않는다. 무궁화호 자동 안내방송은 한국어, 영어, 일본어, 중국어의 4개 언어로 실시해왔으나, 2006년부터 단계적으로 일본어·중국어 방송이 폐지되어 한국어·영어로만 안내하고 있다.
음악으로는 정차역 음악으로 «브란덴부르크 협주곡 제 4번 1악장 BWV1049 알레그로»가, 시종착역 음악으로는 «코레일 로고송 MR버전» 일부분이 재생된다.(2014년5월 11일까지) 특히 출발역에서는 «Let it be» 가야금 연주곡, «Kiss the rain» 가야금 연주곡, «눈의 꽃» 가야금연주곡이 번갈아 재생되며, 종착역에서는 안내방송이 나온 후 «Let it be» 가야금 연주곡, 스티브 바라캇의 «Dreamers»의 일부이 재생되었으나 2013년 이후 시/종착역 안내방송, 정차역 안내방송을 제외한 나머지 음악은 송출되지 않는 상태였다. 2012년7월경 이전에는 출발역에서는 코레일 사가의 기타 연주곡이 재생되었으며, 정차역 음악으로 코레일 사가 피아노 연주곡이, 종착역에서도 코레일 사가의 피아노 연주곡이 재생되었다. 2014년5월 12일부터는 ITX 새마을이 개통되어 ITX 새마을과 같은 음원이 재생된다.출발시에는 ‘봄소나기’, 정차역 방송은 ‘어린달’, 마지막역은 ‘날자꾸나’이다. RDC 열차는 방송을 전체 여객전무가 수동으로 방송한다.
한국어: 우리 열차는 XX(으)로 가는 무궁화호 열차입니다. 열차가 곧 출발합니다. 가지고 계신 승차권을 확인해주시기 바랍니다. 고맙습니다.
영어: Welcome aboard the Mugunghwa train departing for XX. The train will soon be departing. Please make sure you have the correct ticket for this train. Thank you.
정차 안내방송
한국어: 우리 열차는 잠시 후 XX역에 도착합니다. 미리 준비해주시기 바랍니다. 고맙습니다.
영어: We will soon be arriving at XX Station. Please make sure you have all your belongings with you when leaving the train. Thank you.
종착 안내방송
한국어:우리 열차는 잠시후 마지막 역인 XX역에 도착합니다. 소지품을 두고 내리지 않도록 미리 준비하시기 바랍니다. 오늘도 코레일과 함께해주신 고객 여러분, 고맙습니다. 안녕히 가십시오.
영어: We will soon be arriving at XX Station, the final destination of this train. Please make sure all you have belongings with you when leaving the train. Thanks you for traveling with KORAIL.
인천국제공항철도 직통열차에 한해서는 광역철도는 맞으나, 수도권 전철이 아니며, 한국철도공사의 일반열차와 유사한 취급을 받는다. 그런 이유로 따로 요금을 받으며, 노선색은 주황색을 사용하고 있다. 일반 선, 후불교통카드로는 이용이 불가능하며, KTX처럼 역사 내의 자동발매기나 창구를 통해 별도의 승차권을 구입한 후 이용이 가능하다. 따라서, 본 틀에서는 광역철도에 일반 선, 후불 교통카드 이용이 가능한 노선들만 포함된 관계로, 광역철도의 급행·특급열차에서는 제외하고, 급행열차로 분류한다.