Upphaf Berlínar má rekja til 13. aldar en þá eru til staðar tveir bæir gegnt hvor öðrum við ána Spree. Þeir hétu Berlin og Cölln. Berlin er dregið af slavneska orðinu berl, sem merkir mýri eða votlendi. Heitið hefur ekkert með birni að gera eins og margir halda, þó að í dag sé björn í skjaldarmerki og fána borgarinnar. Bærinn Cölln var nefnur eftir borginni Köln við Rín. 1307 sameinuðust bæirnir og mynduðu borgina Berlin-Cölln. Aðrir núverandi borgarhlutar eru þó eldri. Til dæmis kemur Spandau fyrst við skjöl 1197 og Köpenick1209 en þetta voru sjálfstæðar borgir allt fram í byrjun 20. aldar.
Eftir sigur Napoleons á Prússum í orrustunum við Jena og Auerstedt var leiðin greið til Berlínar. Napoleon og herlið hans þrammaði í gegnum hið nýreista Brandenborgarhlið og hertók borgina. Frakkar urðu hins vegar til þess að menning borgarinnar tók stökk upp á við. Mynduð var borgarstjórn, Humboldt-háskólinn var stofnaður, fyrsta dagblaðið hóf göngu sína.
Í iðnbyltingunni um miðja 19. öld óx Berlín hratt. 1838 var fyrsta járnbrautin lögð frá Berlín og gekk hún til Potsdam. Íbúafjöldinn margfaldaðist. Árið 1819 voru íbúar rétt um 200 þúsund en náðu einni milljón 1877.
Skömmu eftir að Weimar-lýðveldið var stofnað, voru borgarmörkin útvíkkuð talsvert. Sjö nágrannaborgir voru sameinaðar Berlín, svo sem Köpenick og Spandau. Íbúafjöldinn fór í 3,8 milljónir, talsvert meira en er í dag. Þrátt fyrir háar stríðsskaðabætur sem Þýskaland þurfti að greiða eftir heimstyrjöldina fyrri, var Berlín menningarleg heimsborg. Tími þessi kallast Die Goldenen Zwanziger (Hinn gullni 3. áratugur) og einkenndist hann af mikilli kvikmyndagerð, leikhússýningum, listaviðburðum og næturlíf. Næturlíf þessa tíma eru gerð góð skil í kvikmyndinni Cabaret frá 1972. Einnig áttu vísindin mikla uppsveiflu á þessum tíma í borginni þegar menn á borð við nóbelsverðlaunahafana Einstein, Haber og Hahn stunduðu fræði sín í borginni.
Meðan menningarlífið stóð í blóma, urðu mikil tíðindi í stjórnmálum. Þjóðarflokkur Hitlers (NSDAP) varð æ vinsælli. Hinn aldni ríkisforseti, Paul von Hindenburg, sá sig tilneyddan til að veita Hitler kanslaraembættið í janúar1933. Mánuð seinna brann ríkisþinghúsið (Reichstag) í Berlín. Hitler leysti þá þingið upp og flokkur hans hrifsaði til sín völdin. Endalok Weimar-lýðveldisins var staðreynd. Í hönd fór eitt grimmasta tímabil í sögu Þýskalands.
Þriðja ríkið og heimstyrjöldin síðari
Strax við valdatöku Hitlers upplifðu gyðingar í borginni sínar fyrstu ofsóknir. Hundruðir flúðu land, ekki síst vísindamenn (til dæmis Lise Meitner, Albert Einstein). Þrátt fyrir þetta voru Ólympíuleikarnir haldnir í Berlín 1936. Nóttina 9.–10. nóvember var kveikt í öllum bænahúsum gyðinga í borginni. Þúsundir gyðinga voru handteknar og verslanir þeirra eyðilagðar. Af upphaflega 75 þúsund gyðingum í borginni, lifðu aðeins 1.200 þeirra þriðja ríkið af.
1939 hófst heimstyrjöldin síðari. Strax ári seinna varð Berlín fyrir fyrstu loftárásumBreta. Skemmdir voru takmarkaðar í upphafi. En þegar Bandaríkjamenn tóku þátt í loftárásunum urðu skemmdirnar gífurlegar. Hitler stjórnaði ríkinu að mestu úr neðanjarðarbyrgi sínu (nálægt Potsdamer Platz) í skjóli fyrir öllum árásum. Loftárásum linnti ekki fyrr en Rússar stóðu fyrir borgardyrunum í apríl1945 en þá var verulega tekið að halla á stríðsgæfu Þjóðverja. Rússar hertóku borgina eftir ákafa götubardaga. Hitler sjálfur framdi sjálfsmorð í neðanjarðarbyrgi sínu 30. apríl. 2. maí gafst borgin upp. Berlín var þá rjúkandi rúst. Um fimmtungur allra bygginga voru gjöreyðilagðar (600 þúsund íbúðir), þar af helmingur í miðborginni.
Eftirstríðsárin
Eftir lok stríðsins var Berlín skipt upp í fjóra hluta á milli hernámsveldanna. Sovétmenn voru í austurhluta borgarinnar en Bretar, Frakkar og Bandaríkjamenn í vesturhlutanum. Yfirmenn herjanna mynduðu sameiginlega borgarstjórn. En brátt kom upp missætti milli herveldanna. Í júní1948 fór svo að Sovétmenn lokuðu öllum götum og lestarteinum sem lágu í kringum hernámssvæði bandamanna. Þar sem vesturhluti Berlínar var sem eyja í sovéska hernámshlutanum í Þýskalandi, varð hann með öllu einangraður. Matar- og eldsneytisskortur gerði vart við sig í vesturhluta Berlínar. Því tóku Bandaríkjamenn á það ráð að fljúga með matvæli og nauðsynjavörur til borgarinnar. Þessi aðgerð kallaðist Luftbrücke (Loftbrú). Tempelhof-flugvöllur varð því að nokkurs konar lífæð borgarinnar. Þegar Sovétmenn sáu að lokanir þeirra skiluðu ekki tilætluðun árangri, var umferðinni hleypt á aftur. Kalda stríðið var í algleymingi.
1949 var Sambandsríki Þýskalands stofnað með höfuðborg í Bonn. Aðeins nokkrum mánuðum seinna var Alþýðulýðveldi Þýskalands stofnað. Austur-Berlín varð höfuðborg Austur-Þýskalands, en Vestur Berlín var aðeins eitt af sambandríkjum Vestur-Þýskalands.
1961 hóf austurþýska stjórnin að reisa múr meðfram gjörvöllum landamærum ríkjanna tveggja. Var þá einnig reistur múr umhverfis Vestur-Berlín. Tilgangur múrsins var að varna því að fólk frá Austur-Þýskalandi kæmist til vesturs en tugþúsundir manna yfirgáfu Austur-Þýskaland árin áður. Með tilkomu Berlínarmúrsins var einangrun Vestur-Berlínar fullkomnuð. Aðeins tveimur árum seinna kom John F. Kennedy, Bandaríkjaforseti, í heimsókn til Vestur-Þýskalands. Í þeirri för kom hann einnig til Berlínar. Á stórum útifundi fyrir framan ráðhúsið lét hann þessi sögufrægu orð falla: „Ich bin ein Berliner“ (Ég er Berlínarbúi).
1989 fóru gríðarlegar mótmælaöldur fram í ýmsum austurþýskum borgum. Eftir að Gorbachev, forsetiSovétríkjanna, hélt ræðu í Austur-Berlín um að flóttamönnum frá Austur-Þýskalandi, sem flúðu land í gegnum Ungverjaland og Tékkóslóvakíu, yrðu ekki stöðvaðir, fór mikill neisti um íbúa Berlínar, bæði í austri og vestri. Fólk fór að safnast saman við Berlínarmúrinn. Sumir hömruðu í hann og aðrir klifruðu upp á hann. Í nóvember var ákveðið að létta á ferðabanni og hluti múrsins var opnaður. Samstundis streymdu þúsundir manna yfir til Vestur-Berlínar. Næstu daga voru ýmsar landamærastöðvar opnaðar, bæði í Berlín og annars staðar í Þýskalandi. Fall múrsins var staðreynd. Þó voru löndin bæði ekki sameinuð fyrr en á næsta ári.
1991 var ákveðið að flytja þýska þingið aftur til Berlínar. Sá flutningur fór fram allt til ársins 1999. Berlín var þar með aftur orðin að höfuðborg sameinaðs Þýskalands.
Berlín var lengi vel skipt upp í 23 borgarhluta en árið 2001 voru margir þeirra sameinaðir, þannig að nú eru þeir aðeins tólf talsins. Borgarhlutarnir eru tiltölulega sjálfstæðir, það er þeir hafa sína eigin borgarstjórn, sinn eigin borgarstjóra, sín eigin fjárhagsmál og svo framvegis. Listi borgarhlutana eftir stærð:
Berlín er Ólympíuborg. Þar voru Sumarólympíuleikarnir haldnir árið 1936, meðan þriðja ríkið var við lýði. Borgin sótti um leikana fyrir árið 2000 en þá varð Sydney fyrir valinu.
Mörg íþróttafélög eru starfandi í Berlín. Þekktasta knattspyrnufélag borgarinnar er Hertha Berlin en það hefur tvisvar orðið þýskur meistari, 1930 og 1931. Heimavöllur liðsins er Ólympíuleikvangurinn sjálfur. Íslenski knattspyrnumaðurinn Eyjólfur Sverrisson lék með félaginu 1996-2002. Næst Herthu í vinsældum kemur 1. FC Union Berlin, sem er úr austurhluta Berlínar og leikur á Stadion an der Alten Försterei. Ólympíuleikvangurinn er árlega notaður fyrir úrslitaleik þýsku bikarkeppninnar í knattspyrnu. Á honum fór einnig fram úrslitaleikur í HM í knattspyrnu árið 2006, en þá vann ÍtalíaFrakkland.
Helsta handboltaliðið er Füchse Berlín. Besti árangur liðsins er þriðja sætið í þýsku deildinni (tvisvar). Nokkrir Íslendingar hafa spilað með og þjálfað liðið, þeirra á meðal eru Dagur Sigurðsson (þjálfari), Bjarki Már Elísson og Alexander Petersson.
Allt frá 1974 hefur verið haldið Maraþonhlaup í borginni (Berlin-Marathon). Núverandi heimsmet í greininni á Haile Gebrselassie, en hann setti það í hlaupinu í Berlín 2008.
Vinabæir
Berlín viðheldur vinabæjatengslum við eftirfarandi borgir:
Flestar þekktar byggingar Berlínar eru í borgarhlutanum Mitte, enda var hann miðborg Berlínar fyrir skiptingu, en einnig miðborg Austur-Berlínar fyrir sameiningu. Þekktasta bygging borgarinnar er Brandenborgarhliðið. Það er jafnframt orðið að þjóðartákni Þjóðverja eftir fall Berlínarmúrsins. Múrinn var aðeins í nokkra metra fjarlægð frá hliðinu, sem stóð austan við múrinn, þannig að það myndaði nokkurs konar botnlanga í miðborg Austur-Berlínar. Skammt norður af hliðinu stendur hið fræga ríkisþinghús (Reichstag). Það var reist sem þinghús á keisaratíma Prússlands og þar var Weimar-lýðveldið stofnað. Þegar bruninn í húsinu átti sér stað 1933, notaði Hitler sér hann sem átyllu til að auka völd sín og mynda þriðja ríkið. Þinghús þetta er næstvinsælasti ferðamannastaður Þýskalands, á eftir dómkirkjunni í Köln. Við Friedrichstrasse stóð varðstöðin Checkpoint Charlie. Hún var landamærastöð milli bandaríska og sovéska hernámssvæðanna á tíma kalda stríðsins. Safnaeyjan Museumsinsel er eyja í ánni Spree í miðborginni. Þar eru fjöldi safnhúsa, svo sem Pergamonsafnið (Pergamonmuseum), Bodesafnið (Bodemuseum), Altes Museum og Alte Nationalgalerie. Einnig er á eyjunni dómkirkjan í Berlín (Berliner Dom) og gamla þinghús Austur-Þýskalands (Palast der Republik), sem var rifið 2008. Gendarmenmarkt er stórt bílalaust torg rétt sunnan við breiðgötuna Unter den Linden. Það er af mörgum talið fegursta torg borgarinnar. Þar eru franska dómkirkjan (Französischer Dom), þýska dómkirkjan (Deutscher Dom) og tónlistarhúsið Konzerthaus. Alexanderplatz er stórt og mikið umferðartorg í austurhluta borgarinnar. Þar stendur sjónvarpsturninn en hann er hæsta bygging borgarinnar. Þar nálægt er einnig rauða ráðhúsið (Rotes Rathaus), sem var ráðhús Austur-Berlínar meðan borgin var skipt. Það þjónar enn sem aðalráðhús borgarinnar. Aðra markverða staði og byggingar í Austur-Berlín má nefna Nicolai-hverfið, bænahús gyðinga (Neue Synagoge), stríðsminnisvarðann Neue Wache og leifar Berlínarmúrsins við aðaljárnbrautarstöðina.