Był synem bogatej rodziny greckiej osiadłej na Sycylii i mnichem[2]. Po śmierci rodziców rozdał ich majątek i wycofał się do klasztoru w Palermo.
Nawiązał stosunki z biskupami angielskimi i wskazał na Irlandię jako na ośrodek kultury. Po konsekracji cesarz Konstantyn IV zaprosił papieża do przedyskutowania kwestii monoteletyzmu[2]. Agaton z radością się na to zgodził, lecz najpierw odbył 4 synody: m.in. w Hatfield pod przewodnictwem abpa Teodora i w Rzymie 27 marca 680, któremu osobiście przewodniczył[2]. Następnie zwołał Sobór konstantynopolitański III (680–681), który potępił monofizytyzm, co przyczyniło się do przywrócenia założeń soboru chalcedońskiego i zakończenia schizmy pomiędzy Rzymem, a Konstantynopolem[3]. Papież zmarł w Rzymie, podczas trwania soboru, lecz jego założenia zostały przyjęte[2].
27 marca 680 spotkał się z arcybiskupem Rawenny Teodorem na synodzie rzymskim. Udało mu się wynegocjować ostateczne zakończenie autonomii Rawenny w zamian za konsekrację i wręczenie paliusza nowym arcybiskupom przez papieża[2]. Ponieważ stan finansów Kościoła za jego pontyfikatu był tragiczny, Agaton sam pełnił funkcję skarbnika[2]. Dzięki temu uzyskał od cesarza zgodę na zwolnienie z opłat dla egzarchy raweńskiego, w zamian za przywrócenie praktyki zatwierdzania papieża przez cesarza bizantyńskiego[2].
Wysłużył sobie tytuł Taumaturga ze względu na liczne cuda których według Kościoła katolickiego dokonał; został kanonizowany. W chwili objęcia tronu papieskiego miał przeszło 100 lat, co czyni go najstarszym wybranym papieżem w historii.
