Після закінчення льотних курсів в січні 1940 року зарахований в 2-гу ескадрилью 2-ї винищувальної ескадри «Ріхтгофен». Першу перемогу здобув у Франції 14 травня 1940 року, збивши французький винищувач «Кертісс Гаук», а всього під час Французької кампанії, літаючи у складі 6-ї ескадрильї, збив 9 літаків. 21 квітня 1941 року здобув свою 20-у перемогу. В травні 1941 року переведений в 2-у групу 2-ї винищувальної ескадри, а в червні 1942 очолив 6-у ескадрилью своєї ескадри. У вересні 1942 року здобув свою 40-у перемогу. В листопаді 1942 року ескадрилья Рудорффера була направлена в Лівію для підтримки частин Африканського корпусу. 9 лютого 1943 року оголосив про знищення 8 машин. З червня 1943 року — командир 2-ї групи 54-ї винищувальної ескадри «Зелене серце», яка діяла в районі Ленінграда. 24 серпня 1943 року збив 8 літаків, 11 жовтня — 7. В червні 1944 року очолив групу з 4-го та 5-го загонів своєї ескадри, що увійшли до складу «бойового з'єднання Кумельмея» у Фінляндії. 28 жовтня 1944 року збив 9 радянських літаків Іл-2 (загалом він збив 58 «Ілів»), загальна кількість збитих ним машин перевищила 200. В лютому 1945 року призначений командиром 2-ї групи 7-ї винищувальної ескадри; з того часу літав на Ме.262, на якому здобув 12 перемог.
Всього за час бойових дій здійснив понад 1000 бойових вильотів і збив 224 літаки, з них 136 радянських, 26 — в Північній Африці, 60 — на Заході (в тому числі 10 чотиримоторних бомбардувальників), зайнявши 7-е місце серед асів Люфтваффе. Сам Рудорффер був збитий 18 разів.
Після війни служив у цивільній авіації ФРН, а потім обіймав керівні посади у Федеральному управлінні цивільної авіації.
Berger, Florian (1999). Mit Eichenlaub und Schwertern. Die höchstdekorierten Soldaten des Zweiten Weltkrieges. Selbstverlag Florian Berger. ISBN 3-9501307-0-5.
Fellgiebel, Walther-Peer (2000). Die Träger des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939—1945. Podzun-Pallas. ISBN 3-7909-0284-5.
Obermaier, Ernst (1989). Die Ritterkreuzträger der Luftwaffe Jagdflieger 1939—1945. Mainz, Germany: Verlag Dieter Hoffmann. ISBN 3-87341-065-6.
Patzwall, Klaus D. & Scherzer, Veit (2001). Das Deutsche Kreuz 1941—1945 Geschichte und Inhaber Band II (in German). Norderstedt, Germany: Verlag Klaus D. Patzwall. ISBN 3-931533-45-X.
Scherzer, Veit (2007). Die Ritterkreuzträger 1939—1945 Die Inhaber des Ritterkreuzes des Eisernen Kreuzes 1939 von Heer, Luftwaffe, Kriegsmarine, Waffen-SS, Volkssturm sowie mit Deutschland verbündeter Streitkräfte nach den Unterlagen des Bundesarchives. Jena, Germany: Scherzers Miltaer-Verlag. ISBN 978-3-938845-17-2.
Sprick, Mike (1996). Luftwaffe Fighter Aces: The Jagdflieger and their combat tactics and techniques. Ivy Books, 1996.
Thomas, Franz (1998). Die Eichenlaubträger 1939—1945 Band 2: L-Z. Osnabrück, Germany: Biblio-Verlag. ISBN 3-7648-2300-3.
Залесский К. А. Люфтваффе. Военно-воздушные силы Третьего рейха. — М.: Эксмо, 2005. — 736 с. — 5000 экз. — ISBN 5-699-13768-8