Khổng Trụ quê ở quận Trần Lưu, Duyện Châu,[1] nổi tiếng lý luận suông, thích bàn việc lớn, có thể nói cây khô thành cây sống.[2] Thái thú Trần Lưu Phùng Đại muốn tịch danh sĩ Phù Dung (học trò của Lý Ưng), đến tận nhà thăm hỏi. Phù Dung tiến cử Phạm Nhiễm, Hàn Trác, Khổng Trụ, từ đó tuyệt giao với Đại. Phùng Đại đề bạt Khổng Trụ làm Thượng kế lại.[3]
Bấy giờ, Minh chủ Viên Thiệu đóng quân ở Hà Nội, còn bốn chư hầu Duyện Châu là Kiều Mạo, Trương Mạc, Viên Di, Lưu Đại đóng quân ở Toan Tảo. Trước sức ép của liên quân, Đổng Trác dẫn theo Hán Hiến Đế dời đô Trường An, bỏ lại thành Lạc Dương đổ nát. Khoảng 190–191, mâu thuẫn trong nội bộ minh quân dần dần trở lên gay gắt, liên minh tan rã, bản thân Khổng Trụ cũng chết bệnh trong thời gian này.[2]
Trong văn hóa
Trong tiểu thuyết Tam quốc diễn nghĩa của La Quán Trung, Khổng Trụ xuất hiện ở hồi 5, là một trong 18 lộ chư hầu hội minh ở Toan Tảo thảo phạt Đổng Trác.[7]