Pierwsza potężna fala ulew przeszła nad Morawami i czeskim Śląskiem 22 czerwca. W wyniku ulew setki domów pozostało bez dostaw prądu i gazu. Zalanych zostało kilka tysięcy gospodarstw. Fala powodziowa zniszczyła mosty, a także zablokowała liczne arterie drogowe oraz linie kolejowe. Wraz z opadami występowały silne wyładowania atmosferyczne, które powalały drzewa na ulice. Straty materialne sięgały setek milionów koron. Do 26 czerwca na rzecz powodzian przeznaczono 170 mln koron, a rząd Jana Fischera powołał sztab kryzysowy. W pracach przy usuwaniu szkód brało udział 1000 czeskich żołnierzy[1].
Powódź z czerwca 2009 roku jest trzecią najtragiczniejszą powodzią w historii Czech. Niektóre czeskie media uważają, że jest ona gorsza od tak zwanej powodzi tysiąclecia z 1997 roku[5].
W Polsce nawałnica rozpoczęła się w tym samym czasie co w Czechach. Najgorsza sytuacja panowała na południu kraju. Na Podkarpaciu 22 czerwca niektóre rzeki przybierały nawet 3 metry na dobę. Wezbrane rzeki zalewały miasta i wsie. W mieście Ropczyce wylała rzeka Wielopolka, która zalała miasto, płynąc ulicami na wysokości około 1,5 metra. W nurcie rzeki 25 czerwca zginęła jedna osoba. Z miasta ewakuowano 660 mieszkańców. Na Dolnym Śląsku rzeki także przekroczyły stan alarmowy. We Wrocławiu silne opady spowodowały poważne problemy komunikacyjne. W województwie podlaskim ok. 8 tys. osób zostało odciętych od dostaw prądu. Oprócz intensywnych opadów deszczu oraz gradu przez Polskę przechodziły trąby powietrzne.
Intensywne opady 26 czerwca 2009 w okolicach Lądka-Zdroju doprowadziły do wylania Białej Lądeckiej, która zalała wsie w okolicy Kłodzka. Również potok Świdna, spływający ze wschodnich zboczy Gór Złotych, wywołała bardzo duże zniszczenia w Czechach, a w Polsce w Dziewiętlicach[6][7].
Prezydent oraz rząd zadeklarowali pomoc powodzianom. Grzegorz Schetyna, szef MSWiA, odwiedzając 26 czerwca zalane Ropczyce, obiecał zasiłki dla powodzian[8]. Kancelaria Prezydenta przekazała na usuwanie skutków żywiołu w Ropczycach 100 tys. zł[9].
Fala powodziowa zalewała północne tereny Węgier – zalany był cały rejon na południe od miasta Győr. Na Węgrzech zawieszono ruch pociągów. W Budapeszcie ogłoszono pierwszy stopień zagrożenia powodziowego[10].
