Kaišiadorių vardas savotiškas Lietuvoje savo arabiška kilme, jis yra dvarininkinis vietovardis. Miesto vardas kildinamas iš kilmingo totoriaus, gyvenusio šiose vietose dar XVI a., vardo Chašaidaras – tai samplaikinis darinys iš dviejų arabiškų vardų Hadži (Chadži) – „piligrimas į Meką“ + Haidar – „liūtas“. 1590 m. pirmas žinomas gyvenvietės vardo paminėjimas, kai buvo paminėta gyvenvietė Košeidarova.[3] Palaipsniui gyvenvietė įgavo Kaišiadorių pavadinimą.[4]
Liaudies etimologija teigia, kad pavadinimas galėjęs kilti nuo žodžių kašė (slavybė, reiškianti „krepšys, pintinė“) + daryti („dirbti, gaminti“), taigi, turėtų reikšti „krepšių gamintojus, dirbėjus“. Pirmasis pavadinimo sandas galėjo būti ir nuo žodžio kaištis („volė, kamštis, kuolelis kam nors užkimšti“ ir pan.), tuomet galėjo reikšti „kaiščių dirbėjas“.[5] Tačiau abiem pastarosioms versijoms pagrįsti trūksta istorinio pagrindo, kadangi prie geležinkelio kuriantis gyvenvietei tokie amatai neturėjo esminės svarbos. Liaudies etimologija miesto pavadinimą taip pat kildina iš XIX a., kai caro laikais buvo statomas geležinkelis, o gyventojai vis klausdavo kū čia dara? („ką čia daro?“).
1862 m. miestas vadintas lenk.Koszedary, 1905 m. rus.Кошедары, 1906 m. – Kašedarai, 1926 m. – Kaišedorys. Tarpukariu buvo vartojama vienaskaitinė forma (t. y. kilmininkas ne Kaišiadorių, bet Kaišiadorio, Kaišedorio).
Pirmąkart Kaišiadorių vietovardis paminėtas 1590 m. Miestas pradėjo kurtis XIX a. 2-ojoje pusėje, pradėjus tiesti geležinkelį Vilnius–Kaunas, o vėliau pradėta tiesti Liepojos–Romnų geležinkelio atšaką link Šiaulių per dvaro laukus. Kaišiadorys tapo svarbiu geležinkelio mazgu. 1862 m. kovo 15 d. pro Kaišiadorių dvarą ir Jatkonių kaimą nesustodamas pravažiavo pirmasis traukinys, kadangi čia nebuvo geležinkelio stoties. Ji atsirado tik nutiesus dar vieną geležinkelį.
1869 m. buvo sudarytas Liepojos geležinkelio projektas, kuris ties Jatkonių kaimu turėjo atsišakoti nuo esamos Lentvario-Kauno geležinkelio atšakos ir vesti į didžiausią tuo metu carinės Rusijos uostą – Liepoją. Netrukus šis geležinkelis buvo nutiestas ir 1871 m. spalio 24 d. iš Vilniaus per Jatkonis į Liepoją nauja geležinkelio atšaka išvažiavo pirmasis traukinys. Geležinkelių sandūroje buvo įkurta Jatkonių geležinkelio stotis (pavadinta artimiausio kaimo, kurio žemėse įsikūrė, vardu). Tačiau visi ėmė painioti šios stoties pavadinimą su tuometinės Rusijos-Prūsijos pasienyje buvusia stotimi Eitkūnais, todėl buvo nuspręsta pakeisti stoties pavadinimą į kitą. 1871 m. gruodžio 8 d. Jatkonių geležinkelio stotis pagal netoliese buvusio dvaro pavadinimą pavadinta Kaišiadorių geležinkelio stotimi. XIX a. pabaigoje Kaišiadorys minimi kaip palivarkas Trakų apskrities Žiežmarių parapijoje.[6]
1906 m. pradėta statyti Kaišiadorių bažnyčia; tais metais susikūrė Kaišiadorių parapija. 1915 m. liepos 22 d. I pasaulinio karo metu Kaišiadoris okupavo Vokietijos imperija; Kaišiadorys pirmąkart tapo administracinio vieneto – apskrities centru. 1918 m. lapkričio 23 d., dar tebesant okupantų vokiečių daliniams, Kaišiadorių klebono kun. Alfonso Varno iniciatyva susikūrė Kaišiadorių parapijos (valsčiaus) komitetas. Ši data laikoma Kaišiadorių savivaldos pradžia. Po kelių savaičių, 1918 m. gruodžio 16 d. Kaišiadoryse įvyko apskrities valsčių ir parapijų komitetų atstovų suvažiavimas, kuriame buvo suformuotas Kaišiadorių apskrities komitetas.
Kaišiadorių miestas įėjo ir į nepriklausomos Lietuvos geležinkelių istoriją – 1919 m. liepos 6 d. iš Kaišiadorių į Radviliškį išvyko pirmasis Lietuvos traukinys. 1920 m. Lenkijai okupavus Trakus ir rytų Lietuvą, Kaišiadorys tapo Trakų apskrities ir neokupuotos Vilniaus vyskupijos dalies centru. 1926 m. balandžio 4 d. popiežius Pijus XIbule „Lituanorum gente“ įsteigė Lietuvos bažnytinę provinciją. Kaišiadorys tapo vyskupijos centru.
1928 m. po rekonstrukcijos pradėjo veikti klijų fabrikas (stambiausias to meto Lietuvoje), 1933 m. ėmė veikti pieninė. 1934 m. Kaišiadoryse pastatyti apskrities savivaldybės rūmai, 1935 m. – Kaišiadorių vyskupijos kurijos rūmai (archit. Vaclovas Michnevičius), 1936 m. pašventinta Kaišiadorių katedra. Tarpukariu prie miesto prijungti Juodkonys.
1921 m. Kaišiadoryse gyveno 659 žydai, 1941 m. rugpjūčio 5 d. duomenimis – 375 žydai. Antrojo pasaulinio karo metu nacistinei Vokietijai okupavus Lietuvos teritoriją 1941 m. rugpjūčio pradžioje Vilniaus ir Vytauto gatvių sankryžoje įkurtas žydų getas, o 1941 m. rugpjūčio 26 d. gretimo Strošiūnų miško pakraštyje sušaudyta 1911 žydų iš Kaišiadorių geto ir laikinojo izoliavimo vietos, kur buvo laikomi žydai iš aplinkinių miestelių.[7] Per Holokaustą Kaišiadorys neteko beveik visų žydų tautybės gyventojų.
Traukdamasi Vokietijos kariuomenė sudegino geležinkelio stotį ir išardė bėgius. 1946 m. balandžio 24 d. įkūrus apskritį Kaišiadorys gavo miesto teises (iki tol buvo miestelis). Sovietmečiu pastatyti du dideli paukštynai, Lietuvos gyvulininkystės ir veterinarijos mokslinių tyrimų instituto veterinarijos skyrius, ligoninė, valgykla-restoranas (architektas A. Kučinskas), veikė didžiausias Lietuvoje klijų fabrikas. 1972 m. Kaišiadoryse pradėjo veikti pirmoji Lietuvoje tarprajoninė veterinarinė-sanitarinė utilizacijos gamykla.
Kaišiadoryse ilgai gyveno agronomas Viktoras Ruokis (1885–1971).
Kaišiadoryse gyveno ir mokyklą baigė kelininkas, Lietuvos nusipelnęs statybininkas Ričardas Kasperavičius (1919–2007).
Kaišiadorių vyskupijoje dirbo kardinolas Vincentas Sladkevičius (1920–2000), nors sovietinė valdžia jam neleido tapti vyskupu. Čia pastatytas jam paminklas.
Kaišiadoryse gyveno ir mokyklą baigė politikas, Lietuvos prezidentas Algirdas Brazauskas (1932–2010).
Mieste yra turizmo ir verslo informacijos centras, vienas didžiausių Lietuvoje pramoninių paukštynų (UAB „Kaišiadorių paukštynas“). Taip pat yra dar vienas „Girelės paukštynas“. Veikia duonos kepykla „Gudobelė“, medinių langų, durų ir surenkamų namų gamintojas UAB „Roda“, chemijos produktų gamybos ir pardavimo įmonė UAB „Savingė“, baldų gamintojas „Nemuno baldai“, statybos įmonė „Kaišiadorių statyba“.