Navassaeyja er u.þ.b. 5,2 km² að flatarmáli. Hún er í Jamaíkasundi, um 160 km suður af bandarísku herstöðinni við Guantanamo-flóa á Kúbu og fremur skammt frá strönd Haítí eða u.þ.b. ¼ leiðarinnar frá Haítí til Jamaíka um áðurnefnt sund. Hnit hennar eru 18° 24′0″N og 75° 0′30″V.
Landslag eyjunnar einkennist fyrst og fremst af berum klettum, en þó er nægilegt graslendi fyrir geitahjarðir.