Ο Ραφαήλ Β΄ ήταν Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως κατά τα έτη 1603-1607^[1].

Ήταν Μητροπολίτης Μηθύμνης όταν, τον Μάρτιο του 1603, εξελέγη Οικουμενικός Πατριάρχης. Κατά τη διάρκεια της Πατριαρχίας του ασχολήθηκε με τη ρύθμιση πολλών εκκλησιαστικών ζητημάτων και εξέδωσε πλήθος κανονικών διατάξεων. Έδειξε ενδιαφέρον για την ένωση των Εκκλησιών^[2] και ξεκίνησε μυστική αλληλογραφία με τον Πάπα.

Λόγω όμως της αντιδικίας του με τον προηγούμενο Πατριάρχη Νεόφυτο Β΄, προξένησε διάφορα προβλήματα στην Εκκλησία, σε σημείο ώστε ο Κύριλλος Λούκαρις, σε επιστολή του προς τον Μητροπολίτη Ηρακλείας Διονύσιο να γράψει ότι «...ο Ραφαήλ ετυράννησε τον Οικουμενικόν θρόνον επί τέσσερα και πλέον έτη...». Κατά την Πατριαρχία του δημιουργήθηκαν πολλά προβλήματα από τον Μητροπολίτη Σερρών Ιωάσαφ, ο οποίος, θέλοντας να ανέλθει ο ίδιος στον πατριαρχικό θρόνο, εξαγόραζε αφειδώς συνοδικούς ιεράρχες^[3]. Στο τέλος ο Ιωάσαφ καθαιρέθηκε^[4], αλλά και ο Ραφαήλ απομακρύνθηκε βίαια από τον Θρόνο από τον Σουλτάνο Αχμέτ Α΄ τον Οκτώβριο του 1607 και υπέστη βίαιο θάνατο στην εξορία (κατ'άλλη πηγή πέθανε από πανώλη^[5]).

• Γεδεών, Μανουήλ (1885). Πατριαρχικοί Πίνακες: Ειδήσεις ιστορικαί βιογραφικαί περί των Πατριαρχών Κωνσταντινουπόλεως: από Ανδρέου του Πρωτοκλήτου μέχρις Ιωακείμ Γ' του από Θεσσαλονίκης, 36-1884. Κωνσταντινούπολη: Lorenz & Keil. 
• Εγκυκλοπαίδεια Πάπυρος-Larousse-Britannica, 2007, τόμ. 44, σελ. 439
• Προκοπίου Τσιμάνη (1981). Από υψηλή σκοπιά οι Πατριάρχαι Κωνσταντινουπόλεως, τόμ. Α΄. σελίδες 196–198. 
• Steven Runciman (2010). Η Μεγάλη Εκκλησία εν αιχμαλωσία. Εκδόσεις Γκοβόστη. σελ. 270. ISBN 9789604461301. 
• Μέρτζιος, Κωνσταντίνος Δ (1951). «Πατριαρχικά, ήτοι ανέκδοτοι πληροφορίαι σχετικαί προς τους Πατριάρχας Κωνσταντινουπόλεως από του 1556-1702». Πραγματείαι της Ακαδημίας Αθηνών 15 (4). https://digitallibrary.academyofathens.gr/archive/item/10758?lang=el. Ανακτήθηκε στις 12 Νοεμβρίου 2023.