Ήταν μονοθελητιστής, όπως και ο Αυτοκράτορας Κώνστας Β'. Εναντίον του στράφηκε ο Μάξιμος ο Ομολογητής και οι Πάπες Θεόδωρος Α΄ και Μαρτίνος Α΄. Ο Παύλος Β΄ έπεισε τον Αυτοκράτορα να λάβει μέτρα εναντίον τους. Ο Μονοθελητισμός καταδικάστηκε από την Στ' Οικουμενική Σύνοδο, αρκετά χρόνια μετά την Πατριαρχία του.
Όταν ο Αυτοκράτορας Κώνστας απήγαγε τον Πάπα Μαρτίνο, τον έφερε στην Κωνσταντινούπολη και τον κακομεταχειρίστηκε, ο Παύλος μεσολάβησε στον Κώνστα υπέρ του Μαρτίνου, και έτσι ακυρώθηκε η θανατική του ποινή και εξορίστηκε[1].