Πριν την εκλογή του ήταν Μητροπολίτης Τραπεζούντος. Ήταν ευνοούμενος της Αυτοκράτειρας Θεοδώρας[1], κατόπιν επιθυμίας της οποίας πείστηκαν πολλοί επίσκοποι και τον εξέλεξαν.
Οι απόψεις του δεν ήταν εντελώς ορθόδοξες. Αμέσως μετά την εκλογή του συνδέθηκε με τους Μονοφυσίτες Πατριάρχες Αλεξανδρείας και Ιεροσολύμων[2]. Ο αντιμονοφυσίτης Πατριάρχης Αντιοχείας το ανέφερε στον Πάπα Αγαπητό, ο οποίος συνεκάλεσε Σύνοδο, η οποία τον καθαίρεσε, στις 18 Μαΐου536. Στις αποφάσεις της Συνόδου αυτής ενέδωσε και ο Αυτοκράτορας Ιουστινιανός, τον οποίο ο Αγαπητός έπεισε να εκθρονίσει και να εξορίσει τον Άνθιμο μαζί με τον Πατριάρχη Αλεξανδρείας. Έκτοτε, ο Άνθιμος παρέμεινε υπό την προστασία της Αυτοκράτειρας, μέχρι το θάνατό της, 12 χρόνια αργότερα (548), οπότε και ο Ιουστινιανός ανακάλυψε ότι όλα αυτά τα χρόνια ζούσαν άνετα στα διαμερίσματά της στο Παλάτι[2].