Był synem zamożnego gospodarza i córki pastora. Początkowo uczył się w Guben w szkole łacińskiej, którą skończył w 1613. Wkrótce wyruszył w podróż – przez Żary i Wrocław dotarł do Ratyzbony, gdzie zdobył wykształcenie muzyczne u Paulusa Hombergera. W 1615 przeniósł się do Berlina, a od 1620 do Wittenbergi, gdzie studiował na uniwersytecie teologię i wciąż kształcił się muzycznie. Od 1622 aż do śmierci przez 40 lat był nauczycielem w berlińskim Gymnasium Zum Grauen Kloster i jednocześnie kantorem kościoła św. Mikołaja w Berlinie.
W 1640 wydał najważniejszy śpiewnik ewangelicki XVII wieku, Praxis pietatis melica, gdzie znajdowały się także pieśni jego autorstwa. Zyskał on wielką popularność i liczne wydania (po 61 latach wyszło 39. wydanie). W 1643 poznał Paula Gerhardta, zwanego „królem poetów religijnych”. Współpracując z nim stworzył wiele popularnych pieśni ewangelickich, śpiewanych do dziś i tłumaczonych na różne języki (w tym polski).
Jedna z najbardziej znanych pieśni luterańskich, chorał Nun danket alle Gott (śpiewany w polskich kościołach ewangelickich z tekstem Dziękujmy Bogu wraz), jest w większości wydań określana jako pieśń Crügera, jednak Crüger prawdopodobnie był tylko autorem nowego opracowania w śpiewniku Praxis pietatis melica. Sama melodia jest bowiem nieco starsza, autorem słów jest Martin Rinckart (1586 - 1649), niemiecki teolog i autor tekstów pieśni. Możliwe, że był on również autorem melodii do tego chorału.
Jedna z córek Crügera wyszła za mąż za malarza dworskiego Michaela Conrada Hirta, który sportretował swojego teścia.
Pieśni
(W nawiasach obecnie używane incipity polskie)
Fröhlich soll mein Herze springen
Herr, ich habe mißgehandelt
Herzliebster Jesu, was hast du verbrochen (Jezu mój miły)
Jesu, meine Freude (Jezu, ma radości)
Kommt her und schaut, kommt, laßt uns doch von Herzen
Lobet den Herrn, und dankt ihm seiner Gaben
Macht hoch die Tür
Nun danket alle Gott (Dziękujmy Bogu wraz)
Literatura
Lothar Noack, Jürgen Splett: Bio-bibliographien: Brandenburgische Gelehrte der Fruhen Neuzeit. Akademie Verlag, Berlin, 1997, s. 103 ISBN 3-05-002840-8, (wersja online) (niem.)
Wolfgang Herbst: Wer ist wer im Gesangbuch? Vandenhoeck & Ruprecht, 2001, s. 66, ISBN 3-525-50323-7(niem.)