서울 지하철 3호선 10량 증결과 함께 부수차 24량이 도입되어 그 중 10량은 서울 지하철 2호선 276~278편성에 10량으로 증결되었고, 나머지 14량은 서울 지하철 3호선 323, 328~329, 336, 338~340편성에 10량 증결되었다. 이후 1994년까지 전 편성이 10량 26개 편성으로 증결되어 운행되었다.
1993년 4호선에 VVVF 451~468편성 도입과 함께 4호선 416~427편성이 3호선으로 이적하였다. 416~423편성의 경우, 동력차는 316~333, 336~340편성으로 편입되고 Tc차 16량은 316~318, 320, 322, 327, 332~333편성의 무동력차로 개조되어 편성이 소멸되었고, 424~427편성은 341~344편성으로 차호가 변경되었다. 이후 1994년VVVF 410~426, 464~471편성 도입과 함께 401~415편성이 3호선으로 이적되어 301~315편성으로 차호가 변경되었다.
1993년부터 1994년까지 3호선 339~347편성과 4호선 428~435편성이 2호선으로 이적되면서 초기엔 도색 변경 없이 그대로 운행 하다가 노선 혼동을 막기 위하여 추후에 노선 색상에 걸맞게 도색을 초록색으로 변경과 동시에 276~292편성으로 차호가 변경되었고, 1995년 4호선 436~441편성은 3호선으로 이적되면서 현 334~335, 345~348편성으로 차호가 변경되었다. 이와 함께 차적정리가 끝나면서 1993년부터 1995년까지 3호선 9개 편성, 4호선 41개 편성 등의 이적은 마무리되었다.
한편 서울 지하철 3호선수서역 연장 개통 초기엔 451, 456~463편성이 3호선에서 운행하였으나, 4호선 전동차 효율적 관리와 VVVF 차량 추가 도입과 함께 3호선에서 운행한 서울교통공사 4000호대 VVVF 전동차들을 4호선으로 이적하고, 대신 4호선에 남은 GEC쵸퍼 전동차들을 3호선으로 이적하여 수서역 연장 개통 증차분으로 사용되었다.
2002 한일 월드컵 당시 엠튜브의 방송을 내 보낸 CRT 모니터가 설치됐다. 객차 1량 당 2개씩 CRT 모니터가 설치되었으며, 화면 아래엔 역 번호, 한글 역명, 영어 역명, 한자 역명, 설명 등이 자막으로 표시됐다.
내장재 교체 사업
2003년대구 지하철 화재 참사를 계기로 강화된 철도 차량의 내연기준으로 인해 2005년까지 내구 연한이 충분한 1985년 도입분 차량도 내장재 교체가 완료됐다. (다만, 1984년 제작분도 1985년에 반입됐거나, 1985년 제작분까지 포함하여 내장재 교체를 받았다.) 교체 사업은 흥일기업, 로윈이 참여했다. 전체적으로 노선 색에 맞추어 교체된 것이 특징이고, 무광택 스테인리스 시트를 채용했다. 단, 사업 추진 기간 중 5년 내 폐차 계획이 수립된 노후 전동차는 대상에서 제외됐으며, 그 대신 객실 좌석 시트에 한해서 난연재의 개별 좌석으로 교체됐고, 화재경보기와 객실 비상 통화 장치 등이 보강됐다.
행선지 표시기 개조
319~320, 334~335, 345~348편성의 행선 표시기가 롤지 방식에서 LED 방식으로 교체됐으며, 345편성은 열번안내기 또한 LED로 교체됐다. (이 중 319~320편성은 2010년에 운행을 퇴역했다.)
선두차화 개조
2009년부터 2010년까지 전동차의 법정 내구 연한 도래와 함께 폐차되고 남은 편성의 2량 혹은 4량을 모두 운전실로 개조하여 사용됐다. 총 9개 편성 316~320, 341~344편성이 개조됐다. 그러나 일부 내구 연한이 남는 동력차 2량, 무동력차 30량 등은 편성 조합을 하지 못해 대량으로 고철 매각됐다.
소음기 설치
또한 도입 초기엔 제동완해음이 워낙에 커서 승객들이 이 차를 타는 것을 기피한 경우가 있으나 2005년에 소음기가 장착됐다.
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