La partie de la façade principale comprise entre les deux pavillons d'angle fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis le [1].
Le vestibule avec sa grille et son décor et le grand escalier ; les pièces suivantes avec leur décor : la salle des audiences solennelles, la salle des pas perdus, la première et la deuxième chambres et la cheminée de la chambre de mise en accusation font l’objet d’une inscription au titre des monuments historiques depuis le [1].
En 1970, les bâtiments sont en partie atteints par un attentat[3].
En 1991, un grand projet architectural moderne destiné à regrouper les tribunaux d'instance, de grande instance, et le tribunal de commerce de Besançon est adopté. Les travaux, confiés à l'architecte Henri Gaudin, se sont achevés en 2003.