À la suite des destructions du clocher, du transept, du chœur survenus au XIXe siècle, il ne subsiste plus de l'église que la nef à trois vaisseaux d'époque gothique. Des vestiges du clocher sont exposés dans la cour du bâtiment des archives municipales.
En face de l'église se trouve l'ancien bâtiment de cuverie et grenier qui a été reconverti en habitation. Les façades, toiture, cave et escalier intérieur dans l'angle est sont inscrits aux monuments historiques par arrêté du 29 mars 1995[2].
Des bâtiments claustraux, seule l'ancienne chapelle capitulaire a été conservée mais dans un état très abimé[3]. Ces vestiges font l’objet d’une inscription au titre des monuments historiques depuis le
Propriété de l'abbaye, le moulin Saint-Paul[4] sur la rive gauche du Doubs est attesté dès le XIe siècle et une papeterie s'y installe en 1473. Converti en moulin de siège par Vauban, il a été reconstruit plusieurs fois depuis. Actuellement, le bâtiment est occupé par les bureaux du service des Voies navigables de France.