La première église bisontine dédiée à saint Martin était jadis située dans le quartier de Bregille, et aurait été fondée dès le VIe siècle. Elle fut reconstruite à plusieurs reprises et définitivement détruite lors du blocus de Besançon par l'armée autrichienne, le . Le général Marulaz, qui commandait alors la place, prit la décision très controversée de raser entièrement le quartier de Bregille ainsi que son église et le cimetière adjacent.
L' actuelle église Saint-Martin fut reconstruite à partir de 1821 sur les plans de l'architecteDenis-Philibert Lapret, au lieu-dit « le Pater », au cœur du quartier des Chaprais, près du cimetière des Chaprais qui existait déjà auparavant. Elle fut baptisée église Saint-Martin des Chaprais pour la différencier de l'ancienne église Saint-Martin de Bregille[1].
En 1927, pour répondre aux besoins de la population du quartier, l'agrandissement de l'église est engagé sous la direction de l'architecte Alfred Nasouski.
↑(fr) Hector Tonon, Jean-François Culot, Marie-Édith Henckel, Annie Mathieu, Jacques Mathieu, Georges Bidalot, Jacqueline Bévalot, Paul Broquet, Jean-Claude Monti, Anne Porro, Jacques Breton, Jean-Claude Grappin, Pierre-Louis Bréchat, Yves Mercier et Pierre Riobé, Mémoires de Bregille (2e édition), Besançon, Cêtre, , 312 p. (ISBN978-2-87823-196-0)