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l'hôpital, à l'exception des parties classées fait l’objet d’une inscription depuis le [1] ;
les façades et toitures sur la cour d'honneur des bâtiments de l'Hôpital, la chapelle, ainsi que les façades curvilignes et les toitures correspondantes des deux bâtiments adjacents font l’objet d’un classement depuis le [1] ;
le bloc opératoire Saint-Joseph a fait l'objet d'une inscription par arrêté du [2].
En 1686, Antoine-Pierre de Grammont demande la construction d'un nouvel hôpital Saint-Jacques plus important près de l'actuelle promenade Chamars. Les travaux durent de 1686 à 1703 suivant un plan en « U ». Il devient hôpital général par lettre patente du roi Louis XIV. À la fin des travaux, Besançon possède l'un des plus beaux hôpitaux du royaume.
L'hôpital possède une des plus belles apothicaireries (pharmacies anciennes) de France avec collection de faïences du XVIIe et XVIIIe siècle constituée vers 1680 par l’apothicaire Gabriel Gascon.
La grille en ferronnerie est réalisée par le serrurier Nicolas Chappuis en 1703 (remplacée depuis par une copie, l'originale étant stockée à la Citadelle dans le hangar aux palissades du front Saint-Étienne). On peut y lire une inscription latine au-dessus de la porte tirée du psaume X, 14 : « Tibi derelictus est pauper. Orphano tu eris adjutor » (« c’est à toi qu’est abandonné le pauvre. Tu seras le secours de l’orphelin »).
Un buste en bronze d'Anne Biget (sœur Marthe) dévouée toute sa vie aux malades et prisonniers amenés à Besançon par les guerres de la Révolution et de l’Empire dont les mérites furent reconnus par l’Europe entière est placé dans une niche entre les grilles et la porte. Elle fut décorée par l’empereur d’Autriche, le roi de Prusse, l’empereur de Russie et le roi Louis XVIII.
À la fin du XIXe siècle les jardins sont principalement potagers[7].
Liste des services et des activités du CHU Saint-Jacques
Cet hôpital public fait partie du centre hospitalier régional universitaire de Besançon (CHRU). S'y trouvent de part et d'autre de la place Saint-Jacques des services hospitaliers et des structures de direction ou de soutien logistique divers. Une vaste opération de regroupement de l'activité sur le site de Chateaufarine a eu lieu fin 2012, en extension de l'hôpital Jean-Minjoz. L'hôpital, propriétaire de l'ensemble immobilier cédera alors au plus offrant les bâtiments du centre-ville.
Demeurent au centre-ville : les hospitalisations de psychiatrie, la médecine légale, le centre de ressource sur l'autisme, l’accueil adolescent,
Les directions du CHRU sur le site de Saint-Jacques :
direction générale ;
direction générale adjointe ;
pôle Ressources Humaines & Soins ;
direction des ressources humaines ;
pôle Ingénierie & Logistique ;
direction des travaux ;
direction des services hôteliers ;
pôle Projets - Recherche - Affaires Médicales ;
direction des affaires médicales ;
direction Projets Recherche Qualité ;
pôle Finances - Système d'information et des relations avec les usagers ;
direction des finances relations usagers ;
direction des programmes d'informatisation, Service informatique.