1993an demokraziaren aldeko Novaya Gazeta egunkaria sortu zuen beste kazetari batzuekin batera. Editore nagusia izan zen 1995etik 2017ra, eta hala da 2019tik. Egunkariak gobernuaren ustelkeriari eta giza eskubideen urraketei buruzko informazioa argitaratu du. Muratov izan zen Anna Politkovskaiaren artikuluak argitaratzeko arduraduna.