Bruselan jaio zen, familia burges batean. Zuzenbidea ikasi zuen Bruselako Unibertsitate Librean, eta 1877an bukatu zituen ikasketak. Nazioarteko zuzenbideko aditu gisa hartu zuen ospea mundu osoan. Emakumezkoen eskubideen eta sufragio unibertsalaren alde borrokatu zen. Ildo horretatik, Emakumezkoen Eskubideen aldeko Belgikar Liga sortu zuen 1890ean. 1893an, nazioarteko zuzenbideko irakasle hasi zen Bruselako Unibertsitate Librean. Bi urte geroago, Belgikako Senaturako hautatu zuten, Alderdi Sozialistako kide gisa. Belgikako Senatuko lehendakariorde izan zen 1919tik 1932ra.
Nazioarteko Bake Bulegoko lehendakari izan zen 1907tik 1943an hil zen arte, eta eragin handia izan zuen 1899ko eta 1907ko Hagako bake-konferentziak antolatzeko. Lehen Mundu Gerrak buruan sartu zion gerra bukatutakoan nazioarteko auzitegi bat ezarri behar zela, eta zenbait legelari proposatu zituen auzitegi hura osatzeko, hala nola Joseph Hodges Choate, Elihu Root, Charles William Eliot eta Andrew Dickson White. Munduko bake-erakundeak batzeko ideia ere proposatu zuen.
Belgikako ordezkari gisa parte hartu zuen 1919ko Parisko Bake Konferentzian eta Nazioen Ligako Batzordean (1920-21). Munduan bakea bultzatzeko, Centre Intellectuel Mondial sortu zuen (gero Kooperazio Intelektualerako Nazioen Ligako Institutuan sartu zena).
Sailkapen Hamartar Unibertsala asmatu zuen Paul Otletekin batera, liburutegietan lanak sailkatzeko eta kategorizatzeko jakinduriaren sailkapen-sistema bat. Sistema horren arabera sailkatutako artxibategi handi bat (12 milioi fitxa eta dokumentu) ere sortu zuen, Mundaneum, munduko jakintza guztia biltzeko helburua zuena.
1913an Bakearen Nobel saria eman zioten Frantziaren eta Alemaniaren arteko harremanak hobetzeko egindako ahaleginengatik eta 1882az geroztik bakearen alde egindako lan handiarengatik.
Henri La Fontaine fundazioa 2011n sortu zuten Henri La Fontaineren omenez. Erakundearen helburua da nazioarteko zuzenbidearen eta demokrazioaren ezagutzaren alde La Fontaine bakezaleak defendatzen zituen balioak transmititzea eta eguneratzea.
