Пасля смерці АгапіяЮстыніян паслаў у Рым свайго кандыдата на папскі прастол, асабістага сябра і сакратара Агапія. У гэты час у Італіі адбывалася вайна між Візантыяй і Остгоцкім каралеўствам, і стаўленік Візантыі не быў даспадобы каралю Тэадагату, таму яшчэ да прыезду Вігілія Папам быў прызначаны Сільверый. Пасля аблогі і няцця Рыму візантыйскімі войскамі і новай аблогі Рыму остгоцкім каралём Віцігесам Сільверый быў скінуты, і генерал Велізарый прызначыў на папскі прастол Вігілія.
Пасля заняцця Рыму войскамі остгоцкага караля Тоцілы (546), Вігілій мусіў уцякаць з Рыма на Сіцылію, потым 10 гадоў жыў у Канстанцінопалі, там ухваліў шэраг мераў на карысць монафізітаў, якіх да таго папскі Рым лічыў ератыкамі. Потым Вігілій змяніў пазіцыю, выступіў супраць монафізіцтва. За гэта быў выкрэслены Юстыніянам з «дыптыху» (спісу асоб, дастойных асаблівай павагі царквы). Двойчы каяўся перад Юстыніянам, атрымаў ад таго дазвол вярнуцца ў Рым, але ў дарозе памёр.[2]
