페예노르트 이적 직후인 2002-03 시즌에는 대한민국 선수로는 2번째로 UEFA 챔피언스리그 본선 무대에 진출하여 데뷔전 상대로 유벤투스를 맞아 맹활약을 펼쳤고,[4] 한 때 에레디비시의 모든 선수들을 대상으로 한 랭킹에서 22위에 오르는 등 뛰어난 활약을 펼쳤다.[5] 하지만 베르트 판 마르바이크 감독이 떠난 뒤 새로 부임한 뤼트 휠리트 감독과 의사소통 문제 등으로 불화를 일으켰고,[6] 잦은 부상과 2경기 연속으로 레드카드를 받는 등 부진한 경기력을 보여 결국 시즌 중반부에 거의 출전하지 못하였다. 하지만, 실질적으로 보았을 때, 이는 이혼과 관련된 심리적 문제가 제일 크다는 설이 있다.
2011년2월 8일, 울산 현대와 1년 계약을 맺고 고국으로 복귀하였다.[11]2011년3월 13일경남전에서 데뷔전을 치렀으나, 팀은 0-1로 패배하였다.[12] 송종국은 2011년7월 3일까지 리그 13경기를 치렀다. 그러나 7월 5일, 울산 현대는 재계약 협상에서 합의를 이루지 못하여 송종국을 방출하였다.[13] 결국 리그 후반기에는 중국으로 건너가 톈진 터다에 이적했다. 2012년3월 28일, 현역 은퇴를 발표하였다. 송종국은 후일 은퇴 이유를 2012년10월 30일에 방송된 SBS 예능프로그램 《강심장》에 출연하여 “2012년 2월 어머니께서 갑작스럽게 돌아가셨다”고 밝히며 “계속된 해외 활동으로 돌아가신 어머니의 임종을 지키지 못했다”라고 하며 이어 “내가 넘어질 때 마다 나를 일으켜 세워주셨던 어머니가 안 계시니 더 이상 축구가 하고 싶지 않더라”라고 은퇴 이유를 밝혔다.[14]
국가대표 경력
2000년6월 7일, LG컵에서 마케도니아와의 경기로 A매치 데뷔전을 치렀다. "히딩크의 황태자'라는 별명이 생겼을 만큼 거스 히딩크 감독에게 총애를 받았으며, 2001년 11월에는 크로아티아, 세네갈과의 경기에서 두드러진 활약을 펼쳐 'AFC 11월의 선수'에 선정되기도 하였다.[15]2002년 FIFA 월드컵에서 오른쪽 윙백으로 맹활약하면서 대한민국의 4강 진출에 크게 기여했다. 특히, 예선 3차전 포르투갈전에서 상대 공격의 핵 루이스 피구를 이영표와 함께 완전 봉쇄하였고, 3-4위전인 터키전에서 중거리 슛으로 골을 넣는 등 인상적인 활약을 펼쳤다. 또한 당시 축구대표팀 필드 플레이어 중에서는 유일하게 대표팀이 치른 7경기에서 모두 선발 출장하여 풀 타임(687분)을 소화하였다.
페예노르트 후반 시절과 수원 삼성 블루윙즈 이적 초기에 부상 등으로 부진한 모습을 보이다가 우여곡절 끝에 2006년 FIFA 월드컵에 국가대표로 다시 한 번 선발되었다. 예선 1차전 토고와의 경기에 선발 출전하였으나, 나머지 경기에는 출전하지 않았다.