당시 이 운행 계통은 1호선의 일부처럼 취급되었기 때문에 이 운행 계통만을 위한 역 번호가 따로 부여되지 않았다. 그래서 1호선 본선 계통과 겹치는 역들은 1호선에서 쓰던 역 번호를 그대로 사용하였다[내용주 6].
이 운행 계통만 다니던, 이촌역에서부터 지상 청량리역까지의 역에는 K로 시작하는 역 번호를 부여하였는데, 이것은 Korean National Railroad(국철)를 의미한다. K 다음에 오는 숫자는, 지상 청량리역에서부터 용산역까지 거슬러 올라가면서 붙이되, 회기역의 당시 역 번호에서 1씩 더해 나갔다. 예를 들어 회기역은 당시 124가 할당되었으므로, 다음 역인 지상 청량리역은 K125, 그 다음 역인 왕십리역은 K126이 할당되는 식이었다. 사실 경원선은 용산이 시점이기 때문에 만약 이 운행 계통이 별도 노선이었다면 번호를 별도로 부여하여야 할 것이다. 그러나 이 계통은 1호선 본선과 운행 구간이 겹치기 때문에, 1호선 본선 계통 구간의 역 번호 연계해서 번호를 부여한 것이다.
2005년12월 16일수도권 전철 용산-덕소선 개통 이후에는 K1으로 시작한다는 점은 동일하지만 번호 부여 방식이 바뀌었다. 1호선과 별개로 K1로 시작하는 역 번호가 부여되지 않았던 용산역과 회기역에도 그 번호가 부여되었고, 역 번호를 1씩 더해가는 방향이 반대로 변경되었다. 새로운 규칙에 따라서 기존에 K1으로 시작하는 번호가 부여되어 있던 이촌~지상 청량리역의 번호도 전면 개정되었다.
1978년12월 9일부터 용산 - 경원선 - 성북 구간을 경유하는 운행 계통이 존재하였다. 주로 용산 - 왕십리 - 성북 간을 운행하였는데, 종종 용산 - 경원선 - 청량리 간만 운행하는 열차도 있었다. 이들 열차는 모든 역에 정차하였으며 급행 열차는 없었다. 이 당시 용산 - 지상 청량리 구간만 운행했던 열차가 있었던 이유는, 당시에는 경원선과 중앙선 선로 사이에 평면 교차가 이루어져 서로의 운행 스케줄을 간섭하였기 때문이었고 신호 때문에 대기해야 하는 상황이 종종 발생하게 되어 더군다나 신호가 맞지 않을 경우에는 충돌의 위험이 있었다. 청량리-덕소 구간의 복선 전철 공사가 완공되면 왕십리 경유 운행 계통을 폐지하는 것으로 계획이 변경되었다.[내용주 7]
한편 특이하게 창동역을 출발하여 성북, 왕십리를 거쳐 용산까지 가는 열차도 있었다. 이 열차는 공휴일을 제외한 월요일~토요일 아침마다 1회씩만 운행되었다. 이 열차 역시 가는 길에 있는 모든 역에 정차하였으며, 반대 방향으로 가는 열차[내용주 8]는 존재하지 않았다.
2000년 당시 ‘지하철 안내체계 개선 사업’의 일환으로 수도권 전철 1 · 3 · 4호선이 운행 기관과 상관 없이 노선 안내명과 노선색이 통일되었다. 이 때 왕십리 경유 경원선 운행 계통은 명시적이지는 않았으나 1호선의 일부분처럼 간주되었다고 볼 수 있다. 그래서 이 운행 계통도 1호선의 다른 구간과 동일하게 남색(●)이 상징색이었다[32][내용주 9]. 또한 1호선 본선 계통[내용주 10]과 겹치는 역[내용주 11]에는 이 운행 계통을 위한 역 번호가 따로 부여되지 않았다. 그리고 노선도에서 환승역 기호를 본선 계통과 분기·합류하는 역인 용산과 회기에만 표시하였다[내용주 12]. 이 점은 경인선 계통과 경부선 계통이 만나는 구로역과 동일한 것이었다. 뿐만 아니라 차량도 공유하였기 때문에 차내에 부착하는 개별 노선도에 이 구간도 함께 그려졌다.
그러다가 2005년 12월 16일에 수도권 전철 중앙선회기~덕소 구간이 개통하면서 이와 동시에 용산-회기 구간은 노선 자체 회사 방식으로 변경되어 1호선의 운행 계통에서 완전히 별개로 분리, 용산~왕십리~덕소 구간을 운행하게 되었다[내용주 13]. 이와 동시에 새로운 상징색이 부여되었고, 각 역의 번호가 변경되었다.[내용주 14] 다만 노선 분리 초기에는 아직 1호선과 열차를 공유하였던 관계로 차내에 부착하는 개별 노선도에는 두 노선이 함께 그려졌었다.
2000년 지하철 안내체계 개선 사업 이후에도 이 운행 계통[내용주 15] 이나 용산~왕십리~회기 구간을 가리키는 안내 명칭을 명확히 정하지 않았다. 그래서 운영 기관이나 상황에 따라서 경원선이나 국철 등으로 불렸다.
2005년 12월 16일부터는 용산~왕십리~덕소 구간을 운행하게 되면서 1호선과 별개로 분리되었으나 안내 명칭은 여전히 확정되지 못하였다. 이 노선이 한국철도공사의 영업 거리표상 경원선과 중앙선을 모두 이용하였기 때문이다. 그래서 처음에는 임시로 용산-덕소선이라는 명칭이 사용되었다[내용주 16]. 이후 추가로 역이 개통되면서 운행 계통 내에서 중앙선 구간의 비중이 커지게 되었고, 이에 따라 2007년12월 27일부터 안내 노선명을 중앙선으로 확정하였다. 그리고 용산선과 직결하면서 현재의 경의중앙선이 됐다.
폐지된 일반열차
과거에는 중앙선을 경유하는 일반열차들이 서울역에서 출발해 용산역에서 경원선에 진입해 청량리역에서 중앙선으로 갔다. 지금은 강릉선 KTX와 관광열차인 평화열차를 빼면 그러한 정기열차는 없다.
교외선 일반열차도 경원선을 운행했으나 용산-성북 구간 전철화 공사가 준공되기 몇 달 전인 1978년 4월 용산-성북 구간의 운행이 중단되었으며[33], 이후 1호선 연장에 따라 서울-능곡-의정부로 단축되어 교외선 정기열차 경원선 운행이 중단되었다.
동두천역에서 연천역까지 (20.8 km, 5개역) 구간을 전철화할 예정으로, 수도권 전철 1호선 운행 구간이 연장되어 2023년 12월 16일에 개통했다. 당초 복선 전철화가 계획되었으나, 복선 노반 단선전철로 결정하였다. 따라서 동두천역 이북 구간은 계속 단선이기 때문에 모든 동두천 시종착 열차가 소요산역 시종착으로 변경되지 않으며, 소요산 시종착 열차도 유지된다.
