Никифор Никифоров е роден на 12/24 април 1858 г. в семейството на богат търговец в Ловеч. Учи в родния си град, а после в Германия и Австрия. Завръща се в Ловеч и помага на баща си в търговията.[1]
Никифоров завършва първия випуск на Военното училище в София (1879). През ноември е произведен в чин подпоручик и зачислен първоначално в 13-а пехотна плевенска дружина, а след това в 1-ви пехотен полк (1881 – 1884), където е ротен командир. На 30 август 1882 г. е произведен в чин поручик, през 1883 г. е изпратен на практическа служба в Одеса в руската армия. През 1884 г. завършва Офицерска стрелкова школа в Ораниенбаум, Русия. На 30 август 1885 г. е произведен в чин капитан. На 16 септември 1885 г. е назначен за командир на дружина в 1-ви пехотен полк.
От 1890 до 1894 г. Никифор Никифоров е инспектор на пехотата, началник на 4-та пеша бригада, като на 2 август 1891 г. е произведен в чин подполковник,[3]. На 3 август 1895 г. е произведен в чин полковник и назначен за началник на Административния отдел и на Канцеларията на Военното министерство (1895 – 1904), като през 1900 г. е произведен в чин генерал-майор. От 1904 до 1910 г. е дипломатически агент (след 1909 г. – пълномощен министър) на България в Германия и Сакс-Кобург-Гота със седалище в Берлин[2].
След завръщането си в България Никифор Никифоров става военен министър в кабинета на Иван Евстратиев Гешов (1911 – 1913), а в навечерието на Балканската война е произведен в генерал-лейтенант. След Междусъюзническата война на 4 август 1913 г. преминава в запаса[2]. Той е и деятелен член на Ловчанското културно благотворително дружество в София[1].
На 2 август 1912 година, по случай 25-годишнината от идването си в България, цар Фердинанд произвежда 6 души генерал-майори в чин генерал-лейтенант. Никифоров е сред тях. Това е първият случай в историята на Третото българско царство, когато званието генерал-лейтенант е дадено на действащи офицери. Дотогава е давано само на офицери от запаса[4]. За политическата си дейност по време на войните за национално обединение, ген. Никифоров е обвинен от Народното събрание при управлението на Александър Стамболийски.[5]
На 5 август 1920 г. преминава в опълчението.
Генерал-лейтенант Никифор Никифоров умира на 12 август 1935 година в София.
Руменин, Румен. Офицерският корпус в България 1878 – 1944 г. Т. 3 и 4. София, Издателство на Министерството на отбраната „Св. Георги Победоносец“, 1996. с. 327.
Съединението 1885 – енциклопедичен справочник. София, Държавно издателство „д-р Петър Берон“, 1985.