Pochodzi ze skromnej toskańskiej rodziny. Ukończył gimnazjum w seminarium w Pitigliano, a następnie liceum w seminarium regionalnym w Viterbo. Kontynuował naukę i formację w rzymskim wyższym seminarium duchownym, studiując na Papieskim Uniwersytecie Laterańskim, gdzie uzyskał licencjat z teologii. 11 marca 1967 przyjął święcenia kapłańskie i został mianowany wicerektorem seminarium diecezjalnego w Pitigliano. W 1968 rozpoczął pracę w Kongregacji ds. Biskupów; był ojcem duchownym w rzymskim niższym seminarium duchownym i pomocnikiem kapelana więzienia „Regina Coeli”. W 1971 został rektorem seminarium duchownego swojej diecezji w Toskanii, które wówczas cieszyło się wielką liczbą powołań kapłańskich. W 1979 został mianowany proboszczem w Porto Santo Stefano.
25 lipca 1990 Jan Paweł II mianował go biskupem diecezji Marittima-Piombino, a 12 września przyjął święcenia biskupie z rąk kardynała Bernardina Gantina. W 1994 został przewodniczącym Krajowego Ośrodka Powołań i Komitetu Krajowego ds. Wielkiego Jubileuszu Roku 2000. 9 listopada 1996 Papież mianował go arcybiskupem ordynariuszem prałatem prałatury terytorialnejLoreto i delegatem papieskim ds. sanktuarium loretańskiego, zastąpił na tej funkcji Pasquale Macchiego. W Wielkim Poście 2003 prowadził rekolekcje dla Kurii Rzymskiej. 6 lutego 2005 Jan Paweł II mianował go wikariuszem generalnym Państwa Watykańskiego, przewodniczącym Fabryki Świętego Piotra i koadiutorem archiprezbitera bazyliki św. Piotra – kardynała Francesco Marchisano. W 2006 przygotował rozważania wielkopiątkowej Drogi Krzyżowej w Koloseum, a 31 października tego samego roku został mianowany archiprezbiterem bazyliki watykańskiej. 20 lutego 2021 Franciszek przyjął jego rezygnację z pełnionych urzędów[1].
W przeddzień śmierci papieża Jana Pawła II wygłosił często cytowane przez światowe agencje słowa: Tego wieczoru lub tej nocy Chrystus otworzy drzwi papieżowi.
Amerykański znawca Watykanu John Allen z „National Catholic Reporter” wymienił nazwisko Comastriego w gronie papabile – potencjalnych faworytów do wyboru na konklawe 2005. Allen zauważył, że mimo braku tytułu kardynalskiego Comastri może uzyskać kilka głosów elektorskich podobnie jak w 1958Giovanni Battista Montini (od 1963 Paweł VI).