Manoma, kad seniau gyvenvietės apylinkėse buvo lydoma balų rūda, todėl ji ir pavadinta Rūdiškėmis. Tačiau kalbininkai spėja, kad miesto vardas yra asmenvardinis vietovardis, kilęs nuo asmenvardžio Rūdys (ar Rūdis, Rūdė), pridedant priesagą -iškės.[2]
Rūdiškių kaimas minimas nuo 1774 m., kai jame buvo pastatyta bažnyčia. 1792 m. Rūdiškėse buvo 3 namai, kuriuose galėjo gyventi 15-20 žmonių. Pradžioje miestelyje gyveno viso 3 žydai. 1866 metais kaime buvo tik keturios sodybos su 23 gyventojais ir dvi smuklės, su 7 žydais. 1864 m. vasario 15 d. atidaryta Rūdiškių geležinkelio stotis. Geležinkelio stotis buvo naudinga bei patogi kelionėms, susisiekimui tarp miestų žmonėms iš aplinkinių kaimų. Prasidėjus Antrajam pasauliniam karui, prasidėjo trėmimai į Sibirą: iš Rūdiškių buvo ištremta daugybė žmonių.[3]
XIX a. Rūdiškės buvo kaimas Trakų apskrities Tarpupio valsčiuje.[4] Čia gyveno daug žydų, čia buvo Rūdiškių sinagoga. Kaimas didėjo ir 1891 metais Rūdiškės apėmė 101 kaimą ir pakilo iki miestelio rango. Pirmoji mokykla Rūdiškėse įkurta 1896 metais. 1916 m. miestelyje buvo įsteigta žydų biblioteka.[5]
Miestelis prie Vilniaus–Gardino geležinkelio pradėjo augti XIX a. Tada ir susiformavo gyvenvietės schema linijinis planas su keturkampe aikšte viduryje. Rūdiškių Švč. Jėzaus Širdies bažnyčia įkurta XVIII a. Dabartinė mūrinė pastatyta 1932 m., remontuota 1980 m. pastebima šiek tiek romantiško ir gotikos stiliaus savybių. Geležinkelio stoties senasis pastatas ir vandens bokštas yra Rūdiškių miesto architektūros paveldas.[6] Rūdiškėse yra išlikusių nemažai medinių namų. Lankytinos vietos:[7]
Evelina Sašenko (1987–), Eurovizijos (2011) dainininkė, gimusi Rūdiškėse
Valerijus Filonovas (1963–2010) žinomas muzikos pedagogas, pučiamųjų instrumentų orkestrų vadovas, švenčių meno vadovas ir dirigentas, mokytojas ekspertas.
Iki 2003 m. pabaigos Rūdiškių miestą atstovavo „Vėtros“ futbolo komanda, tais metais laimėjusi šalies pirmenybių bronzą ir pasiekusi taurės turnyro finalą. Dabar mieste žaidžia FK Rūdiškės futbolo komanda.