הרב יששכר מאיר שימש כשנתיים כר"מ בישיבת בני עקיבא כפר הרואה. בראשית שנות ה-60, הוא עבר לנתיבות עם 17 מתלמידיו ופתח שם את "ישיבת עזתה" שנקראה לימים "ישיבת הנגב"[1][2], כחלק ממגמה לחיזוק הדת בדרום הארץ. בהמשך הוקצה לישיבה שטח של 34 דונם[דרוש מקור], עליו הוקמו בניני הישיבה, תלמוד תורה לבנים בית ספר וסמינר לבנות. ובנייני מגורים. תוך שנים ספורות גדלה הישיבה לכ-250 תלמידים.
הרב הנהיג בישיבה להתפלל בנוסח ספרד ולאחר פטירתו של הרב יששכר מאיר שינו לנוסח אשכנז.
לישיבה ומוסדותיה היה חלק בהתפתחותן של קהילות חרדיות באזור. חלק מבוגריה עברו לגור בקרבת מקום לאחר נישואיהם, וילדיהם למדו במוסדותיה, לרבנים מאיר וגרשנוביץ הייתה השפעה רבה על עיצוב דמותן של קהילות אלה.
'היכל אליהו' - שדרות
בשנת 2005 פתח הרב מאיר בעיר שדרות, שהייתה מופגזת אז בתדירות גבוהה, את ישיבת "היכל אליהו"[3](הקישור אינו פעיל, 27 ביוני 2018). מאז פטירת הרב מאיר עומד בראשה הרב ישראל מאיר שלום. משגיח הישיבה הוא הרב אהרן שורץ. בין הר"מים: הרב משה אבוטבול, הרב דב מן והרב חגי צדוק[4].
בקיץ ה'תשס"ו (2006) הקים הרב מאיר את ישיבת 'נר זרח' במושבזרועה הסמוך לנתיבות[5]. אחרי פטירתו של הרב מאיר, היא נלקחה תחת חסותה של ישיבת ארחות תורה, עקב התנגדות תושבי המקום לישיבה[6], היא עברה למושבעוצם[7]. בראש ישיבה זו עומדים הרב יצחק זאב פיינשטיין, והרב אליהו ברוורמן.
ישיבת הנגב שכר שכיר
לאחר פטירתו של הרב יששכר מאיר נסגרה הישיבה בנתיבות, באדרה'תשע"ב נפתחה הישיבה בסיוע ישיבת בית מדרש עליון על ידי אחיינו של הרב יששכר מאיר הרב שלמה צבי פרוכטר, ונקראה "ישיבת הנגב שכר שכיר" על שם ספרו של הרב. בישיבה כמאתיים חמישים בחורים. בראשה עומדים הרב אריה לוי והרב אפרים זאב גרבוז, בעבר עמד בראשות הישיבה הרב צבי יהודה גרשנוביץ בנו של הרב ראובן יוסף גרשנוביץ, עד פטירתו באיירה'תשפ"ב.
באייר התשפ"ד יצא גיליון בשם "הישיבה" הגיליון מכיל חומר רב אודות הישיבה משנות הקמתה עד למצבה העכשווי, זאת כהכנה לאירוע "נקבצו לך" שיתקיים בחודש סיון במתחם הדי סיטי.
עוד ישיבות במתחם -
ישיבה קטנה "עטרת שלמה" בראשות הרב חיים מגורי (בעבר התקיימה במקום ישיבה קטנה נוספת "אבן האזל").
כולל אברכים בבניין הישיבה לבוגרי הישיבה בראשות הרב ראובן חלא לשעבר משגיח בישיבת הנגב.
ישיבת "תפארת צבי" ישיבה קטנה בראשות הרב תנחום פישהוף מרבני ישיבת פונביז' לצעירים הנקראת על שם הרב צבי יהודה גרשנוביץ