בשנים ה'תשמ"ד - ה'תשמ"ה נבנה היכל הישיבה בצורת מגן דוד בעל שישה משולשים. בנין הישיבה היה נראה למרחוק ובלט בכל גוש קטיף. באולם הכניסה לישיבה שכן "קיר ימית" - מיצג זיכרון המגולל את סיפורה של העיר ימית. בשנת התש"ן עזב הרב יעקב אריאל את הישיבה עקב היבחרו לרב העיר רמת גן, ואת מקומו החליף הרב יהודה זולדן. תקופה קצרה כיהן כראש ישיבה הרב מנחם פליקס.
באלולה'תשנ"ח הפכה הישיבה להיות גוף עצמאי בראשות הרב גבריאלי.
הישיבה פונתה בפעם השנייה בי"ב באבה'תשס"ה במסגרת תוכנית ההתנתקות והמבנה בו שכנה נהרס ונבזז בידי הפלסטינים. הישיבה פעלה זמנית בכפר מימון. ב-2010 פורסם כי "קיר ימית" נגרס ונהרס במהלך הפינוי[1].
לאחר תוכנית ההתנתקות
בחודש טבתה'תשס"ח (דצמבר 2007) הישיבה עברה לבניינים ארעיים (קרוואנים) באשדוד ובחודש אלול התשע"ח (2018) עברה הישיבה לקמפוס החדש.
בישיבה לומדים כ-130 תלמידים, כולל אלה בשלבי השירות הפעיל בצבא.
סדר הלימוד
כמו ברוב ישיבות ההסדר הלימודים בישיבה החל משיעור א' עד שיעור ה' וכן אברכים. בישיבה קיים גם מסלול לימודי הוראה ומסלול פר"ח - חונכות קהילתית. הישיבה שמה דגש על לימוד תורת ארץ ישראל.
בישיבה ישנם שיעורים בנושאים מגוונים, כגון תנ"ך ואמונה. הלימוד בסדרים מוקדש בעיקר לגמרא.
הרב בניה ליפשיץ - רב שהקים וניהל את קרן "מאמין וזורע" - תרומות לחקלאי גוש קטיף.
הרב אלעד ביטון - ר"מ לשעבר בישיבת חולון.
הרב אבישי וינר - ר"מ בוגר ישיבת מעלות
בניין הישיבה בנוה דקלים
ישיבת נוה דקלים שהוקמה ביישוב נוה דקלים, תוכננה על ידי האדריכל גרשון שבח שאף תכנן מספר שכונות מגורים וכן את בתי הכנסת המרכזיים ביישוב. על פי בקשת ראשי הישיבה ובעקבות הריסת בניין הישיבה הראשון עם פינוי חצי האי סיני, נדרש שבח לתכנן מבנה כך "שאף בולדוזר לא יוכל להחריב". היות שלתקציב הבניין הוענק סכום כסף גדול ביותר, תכנן שבח עמודים וקורות בטון מזוין בגודל החורג מכל פרופורציה למבנה שכזה.
הרעיון לצורת המגן דוד באה לשבח, בעקבות בתי התפילה הנוצריים באירופה, שבתוכניתם מופיע הצלב הנוצרי, שבח הציע שבבניין הישיבה יופיע המגן דוד, אך במקום להסתיר אותו בתוכנית הבניין, להציג אותו בחזית הבניין, כך שייראה לכל עין וגם לעיני השכנים הפלסטינים. לאחר השלמת תהליך ההתנתקות, נשרף הבניין על ידי פורעים פלסטינים, וחלקי הבניין פורקו והועברו לאתרי בנייה בעיר הסמוכה רפיח. בעת הלחימה ברצועת עזה במלחמת חרבות ברזל כוחות צה"ל הגיעו למקום ומצאו בו מסגד.
על פי תוכניתו המקורית של שבח, תוכנן אגף למגורי תלמידי הישיבה אשר יקיף את צידו הדרומי של המתחם, אך בגלל קשיי תקציב לא בוצע הדבר, ותלמידי הישיבה שוכנו בפנימיה על בסיס בתים יבילים בסמוך לבניין בית המדרש.
