מתחילת זמן קיץ ה'תשפ"ב, החל הרב אורי גנץ למסור שיעורים כלליים בישיבה במקום הרב בן שחר. ולקראת יום ירושלים באותה שנה מונה כראש הישיבה. עם זאת, ראש הישיבה הפורש ממשיך בשיעוריו והנהגתו כלפני הפרישה.
לאחר משכנה הראשון הישיבה עברה למבנים משלה במעלה היישוב, ובאלול תשנ"ו (1995) עברה הישיבה לשכונת גבעת רש"י בקדומים, שם הוקמה שכונה סביב הישיבה.
נכון ל-2017 מונה הישיבה כ-60 תלמידים, רובם אברכים. תלמידי הישיבה באים מישיבות תיכוניות וישיבות קטנות-לאומיות וכן מישיבות גבוהות. הישיבה היא ישיבה גבוהה, ורוב התלמידים משרתים בצה"ל, בעיקר דרך מסלול "הסדר מרכז". בישיבה פועלים גם כולל דיינות, כולל בוקר לאנשי היישוב "משכן בנימין" על שם הרב בנימין הרלינג, מכון "עז לישראל" לתורה ומדינה ומכון "משפט ערוך" בראשות הרב ישראל בן שחר, להוצאת כתביו של הרב זלמן נחמיה גולדברג.
הישיבה ממשיכה את האידאולוגיה של ישיבת מרכז הרב וחלק מהרבנים, כולל הרב יצחק בן שחר, הם בוגרי ישיבה זו. הישיבה נאמנה למשנתו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק, ומזוהה מבחינה אידאולוגית עם שיטתו של הרב אברהם שפירא. מלבד לימוד גמרא והלכה, עוסקים בישיבה גם בלימוד תנ"ך ומתמקדים בעבודת המידות והתפילה.
מנהל הישיבה כיום הוא בוגר הישיבה הרב יהודה מעטוף.
בוגרים ידועים
הרב דוד דודקביץ - רב היישוב יצהר וראש ישיבת רועה ישראל ביצהר
נחל קדומים, שיעוריו של ראש הישיבה הרב יצחק בן שחר על התורה מתאפיין במבט ייחודי ובדרך מיוחדת בלימוד התורה שבכתב. נכתב בדקדוק רב.
משלי קדם, שיעורי ראש הישיבה על ספר משלי עם ביאור הגר"א. בספר נוגע הרב בסוגיות מוסריות רבות תוך העמקה בדברי הגאון מווילנה. (בינתיים יצא כרך אחד, וכרך נוסף בהוצאה פנימית).
חזון קדומים, שיעוריו של הרב זלמן נחמיה גולדברג על מסכתות כתובות וקידושין, וסוכמו על ידי הרב ישראל בן שחר[1], תשס"א.
נתיב מצוותיך, ספר של הרב זלמן נחמיה העוסק במשמעותן ההלכתית של טעמי המצוות. כולל בירורים ביסודות העניין וכן פירוט של מצוות רבות.
משפט ערוך, ספר המביא את פסיקת ההלכה ושיטות האחרונים על שולחן ערוךחושן משפט ע"פ שיעוריו של הרב זלמן נחמיה גולדברג. עד כה (ה'תשפ״ג) יצאו לאור שבעה כרכים. יו"ל על ידי מכון משפט ערוך שעל יד ישיבת קדומים בראשות הרב ישראל בן שחר וחבר תלמידי חכמים.
מנחת שי, שיעורים שניתנו בישיבת קדומים על ידי הרב שמואל אליעזר שטרן, תשנ"ט.
מקדמי ארץ, קובץ מאמרים תורניים של רבני הישיבה ותלמידיה, עד עתה יצאו לאור אחד עשר כרכים.
