ב-29 במאי 1989 הגיע עם תלמידים נוספים מישיבת "עוד יוסף חי" לביקור בקבר יהושע בן נון בכפר כיפל חארת'[3]. הקבוצה הותקפה והגיבה בירי, שממנו נהרגה נערה בכפר[4]. נגד הרב שפירא ותלמידים נוספים הוגש כתב אישום. הם טענו להגנה עצמית ובעסקת טיעון נגזרו עליהם 8 חודשי מאסר בפועל[5][6].
עם השנים התגבשה בו ההכרה כי עליו לעבור אל גוש דן, שבו היה באותן שנים מחסור בישיבות ומוסדות תורניים. תחילה סבר להקים ישיבה בעיר תל אביב, אולם לאחר התייעצות עם הרב יעקב אריאל החליט להקים את המוסד ברמת גן. בחודש אלול תשנ"ד הקים את ישיבת ההסדר ברמת גן – ישיבת ההסדר הראשונה בגוש דן, שבראשה הוא עומד עד היום. בשנת תשע"ח העמיד לצדו בראשות הישיבה את הרב בן ציון אלגזי.
הרב שפירא פעיל בקרב תנועות התשובה הציוניות ובהדרכתו קמו מדרשת אוריה וארגון נהורא.
הגותו משלבת את תורת הרב קוק עם יסודות חסידיים, בעיקר בהשפעת כתבי חב"ד וברסלב.
בשנת 2009 התפרסם הרב שפירא בקריאתו להיזהר מ"שוליים בציונות הדתית המנסים למשוך אותה לכיוונים נאו-רפורמים"[9].
בכינוס "נשים למען המקדש" שנערך בשנת תשס"ג התבטא ביחס לתנועה הפמיניסטית: "הגברים הם הזוכים האמתיים מעצם היכולת של האישה לעמוד כיום בעמדה שווה מולם, כיוון שהם לומדים מכך כיצד לעמוד מול הקב"ה, שבמערכת היחסים עמו הם הצד הנשי"[10].
בריאיון שנערך עמו בשנת תשע"ז אמר: "השוביניזם שלט בעולמנו, ובעינֵי התורה הוא היה קללה". עם זאת קבע: "התורה סוברת שיש הבדלים בין גברים לנשים לפני חטא אדם ראשון. קשה לנו היום להבין מה התוצר של קללה ששלטה במשך חמשת-אלפים שנה, ומהו המבנה הבסיסי של השוני". בהקשר זה הוסיף: "בעיניי זה פלא של ממש, שהשיבה של עם ישראל לארצו מהגלות, מסיימת איתה גם את קללות הבריאה"[11].
בשיח שהתקיים במרץ 2023 בין רבנים לטייסים בעקבות המחאות נגד הרפורמה המשפטית, אמר: "אני רוצה דמוקרטיה, אני רוצה איזון בין רשויות, אבל אני חי 30 שנה בדיקטטורה. לא של הרוב, של מיעוט קטן שבעיניי לא עבר את אחוז החסימה. והוא הדיקטטור פה 30 שנה. הבת שלי, בת 14, שמה את הרגל על הכביש בזמן הגירוש מגוש קטיף וזרקו אותה לחדר מלא חולדות, קטן וחשוך. אנשים ישבו אז עד תום ההליכים בכלא. אתם תלמדו אותנו מה זו דמוקרטיה?"[13].
בתקופת משבר הקורונה הדגיש את החשיבות בהקשבה להוראות משרד הבריאות, קרא לתלמידיו להתפלל באוויר הפתוח ועודד התחסנות.