"מקור ראשון" נוסד כשבועון בחודש יולי 1997 על ידי הרב שמואל טל, והעיתון היה בבעלותו. העורך המייסד של העיתון היה העיתונאי מאיר עוזיאל[3]. ההקמה בפועל נעשתה על ידי משפחת ליסטנברג, משפחה דתית לאומית העוסקת ביהלומים ומושבה בבלגיה ובתל אביב. עוזיאל צירף אליו את העיתונאים מיכאל רוזוליו ויוני אריאל. רוזוליו היה בעבר כתב ב"ידיעות אחרונות" וברשות השנייה לטלוויזיה ולרדיו, וממקימי "רדיו קול הים האדום". יוני אריאל היה העורך הכלכלי של הג'רוזלם פוסט. המערכת הוקמה במשרדי "פרסומי ישראל" בגבעת שאול בירושלים, והורכבה מעיתונאים ועורכים דתיים וחילונים.
עורכי העיתון בשנותיו הראשונות היו ברובם חילונים, בהם מאיר עוזיאל ועופר שפירא.
מרגע הקמתו העיתון נאבק על קיומו הכלכלי. ההכנסות היו נמוכות ומצבו הכלכלי הידרדר עד שבסוף אוקטובר 1999 נסגר העיתון, והבעלים הכריזו על פשיטת רגל[4].
לאחר כארבעה שבועות, בדצמבר 1999, "מקור ראשון" הוקם מחדש, תחת חברה בשם "מקור ראשון החדש" - מהלך שאפשר לרוכש, מייקל כריש, ליהנות ממוניטין העיתון מבלי לשאת בחובות העבר[4]. כריש פעל להרחבת מאגר המנויים ולביסוסו הכלכלי של העיתון אך ספג גם הוא הפסדים כבדים. הוא החזיק בעיתון כארבע שנים עד שנת 2003 אז מכר את העיתון לאיש העסקים שלמה בן-צבי. מאחורי בן צבי עמדה משפחת הנדבן היהודי בריטי, קונרד מוריס ובעקבות הרכישה בוצעו בעיתון שינויים משמעותיים[5]. בן צבי יזם מבנה מחודש לעיתון, שכלל הרחבה ניכרת של מספר העמודים והמוספים, גיוס כותבים מוערכים ומעבר לפורמט ברודשיט.
עד אמצע 2007 הופיע "מקור ראשון" כשבועון. ב-25 באפריל 2007, תקופה קצרה לאחר שבן צבי רכש את העיתון הוותיק "הצופה", מוזגו העיתונים והמהדורה היומית החלה להופיע תחת הלוגו "מקור ראשון - הצופה". לעורך העיתון היומי מונה תחילה יואב שורק ולאחר מכן אריאל כהנא[6]. העיתון הודפס באותן השנים בדפוס "גרפופרינט" של קבוצת הארץ[7]. ביוני 2007, השיק העיתון אתר אינטרנט חדש בהשקעה של 1.5 מיליון שקל[8].
ביוני 2009 הוכרז כי העיתון יחל בהוצאת מהדורה יומית דיגיטלית אשר תצא בצהריי היום ותופץ באימייל למנויים, בהשקעה של חצי מיליון ש"ח[9]. מהדורה מיוחדת זו הייתה נפרדת מזו שהודפסה בבוקר ימי חול ומהדורת יום שישי, וכללה 35 עובדים[10]. המהדורה החזיקה חודשיים והפסיקה פעולתה עם גיליון אחרון ב-29 ביולי2009[11].
ב־23 בספטמבר2014 הופק הגיליון האחרון של העיתון היומי. מתאריך זה מודפס רק עיתון סוף־שבוע.
תקופת בן צבי
תחת בן צבי, מקור ראשון הגדיל את נוכחתו בשיח הציבורי בישראל ואת מנעד תחומי העיסוק. עם זאת גם בתקופת שלמה בן צבי סבל מקור ראשון מגרעון כלכלי, כמו גם מניהול תזזיתי שהביא לריבוי הוצאות. מיד עם רכישת העיתון הועברה המערכת מפתח תקווה לבית קלקא בתל אביב ומשם לגן הטכנולוגי במלחה שבירושלים[12]. מוספים נפתחו ונסגרו, עיתונאים, כותבים ומנהלים גויסו ופוטרו. כדי להתגבר על המשבר הורה בן צבי על קיצוצי שכר וצעדי התייעלות נוספים. בד בבד, לאחר שעובדים גילו כי לא קיבלו הפרשות סוציאליות ושכרם עוכב זמן רב, הם פתחו במאבק כנגד הנהלת העיתון. בנובמבר 2008 דווח[13] על קשיים כספיים אליהם נקלע העיתון ועובדי העיתון אף הגישו לבית המשפט בקשה לפירוק העיתון[14]. העיתון התמודד עם המשבר על ידי קיצוץ בתוכן, העלאת מחירים, פיטורי עובדים, סגירת אתר האינטרנט וארכיון הכתבות של העיתון, וצעדים נוספים. חרף הקשיים הפנימיים העיתון המשיך לצאת באופן סדיר.
בפברואר 2012 אתר העיתון הותקף על ידי האקרים פלסטינים[15].
בספטמבר 2012 רכש בן צבי את עיתון מעריב. הוא שילב את כותבי מקור ראשון במעריב ובאתר העיתון מעריב nrg[16], בנוסף העביר את הדפסת "מקור ראשון" לבית הדפוס של "מעריב", במקום בית הדפוס של "הארץ"[17]. עם זאת, רכישת הענק הביאה את שני העיתונים לקריסה. העיתונים, שבאותה עת כבר היו לפותים זה בתוך זה, הן בתוכן הן בניהול, נקלעו להליך פירוק. ב-9 במרץ2014 אושרה בקשתו של בן צבי לצו הקפאת הליכים לחודשיים לעיתונים "מקור ראשון" ו"מעריב"[18]. העיתון העומד למכירה יחד עם העיתון "מעריב", והוגשו מספר הצעות כולל מ"ישראל היום", "ג'רוזלם פוסט", "ידיעות אחרונות" וקבוצה בראשות המנכ"ל אודי רגוניס[19].
תקופת אדלסון
ב-30 במרץ 2014 אישר בית המשפט המחוזי בירושלים את מכירת העיתון ל"ישראל היום" ב-14 מיליון שקלים[20] ואת מכירת אתר nrg תמורת 3 מיליון שקלים. ביצוע המכירה התעכב עקב בדיקה ממושכת של הממונה על ההגבלים העסקייםדייוויד גילה, עקב חשש לפגיעה בתחרות בשוק העיתונים בישראל[21]. עובדי העיתון יצאו למאבק ציבורי[22], וב-30 באפריל2014 אושרה הרכישה[23]. תוכני העיתון פורסמו באתר nrg עד לינואר 2018, אז נסגר אתר nrg והחליף אותו אתר חדש של "מקור ראשון". ארכיון nrg, ובכלל זה כתבות "מקור ראשון" שפורסמו באתר, זמינים באינטרנט תחת הדומיין של "מקור ראשון".
ביולי 2014 מינה אדלסון את חגי סגל לעורך הראשי של העיתון[24]. בנוסף גייס את אראל סג"ל כבעל טור[25], והכפיל את מספר העותקים המופצים לכ-80 אלף[26].
דיוקן - מגזין הכולל כתבות צבע, טורים אישיים ומדורים שונים. ביניהם - טור אישי-אקטואלי מאת סגנית עורך מקור ראשון אורלי גולדקלנג; טור אישי-דעתני מאת יותם זמרי; טור אישי של יעל שבח, ומדור קבוע העוסק בטרור חקלאי. בעבר הופיעו במוסף גם מדור אוכל, מדור טיולים, ועוד. בשנת 2020 נוסף טור גאו-פוליטי מאת ניצן דוד פוקס מפיק ההסכת "המשחק הגדול". עורך המוסף הוא אורי גליקמן.
מוצש - מוסף תרבות ופנאי (החל להופיע בשנת 2011). העורך הראשון היה אלעד טנא. אחריו שימשו בתפקיד אריאל שנבל, לימור גריזים-מגן, אורי גליקמן (במקביל לתפקידו כעורך 'דיוקן') וכיום העורכת היא תמר פרלשטיין.
מוספי עבר
מ-1 בינואר2005 ועד פברואר 2006 הופיע מדי שבוע 'השבועון', מוסף תרבות ומדריך שידורים והצגות. את 'השבועון' ערכה תמר נשר-רטי. סגן העורכת היה שי צלר.
בתחילת דרכו של העיתון בפורמט החדש הופיע מוסף נופש, שהפך לדו-שבועי ועד מהרה בוטל.
ביוני 2006, חודשים אחדים לאחר ביטול 'השבועון', נוסף מוסף דו-שבועי שנקרא 'שישי ישראלי', שתוכנן להפוך לשבועון. הוא היה מוסף כרומו, בפורמט קטן, ובו מדורים, טורים, ובעיקר כתבות מגזין בנושאי אקטואליה ואקטואליה רכה. לאחר כשלושה חודשים הוא בוטל.
המוספים כלכלה בעריכת הכלכלןערן בר-טל וספורט בעריכת דותן מלאך, היו בעבר מוספים נפרדים, אך מאז יולי 2012 הם חדלו להופיע כמוספים נפרדים, ונכנסו אל תוך דפי המגזין "מוצש". בינואר 2013 נחתם הסכם עם עיתון העסקים "גלובס" להפקת מוסף יומי, בתחום העסקים והכלכלה שצורף למהדורה היומית של "מעריב" ו"מקור ראשון"[29]. לאחר פחות משנה שיתוף פעולה זה פסק.
במשך תקופה מסוימת הוציא העיתון את שבת הגדול - מוסף הגות מורחב, שהופיע שלוש פעמים בשנה בעריכת יואב שורק, ואף את מקורי - עלון שבת שהופץ חינם בבתי הכנסת וכלל כתבות מקוצרות מהעיתון "מקור ראשון" ומדורים נוספים, אך הוא חדל להופיע בשלהי 2010.
צדק - חדשות ופרשנות מעולם המשפט, הדין וההלכה. ערך: יהודה יפרח.
נשים - מוסף המיועד לנשים (החל להופיע בקיץ 2006, ומתפרסם פעם בשבועיים), בעריכת לימור גריזים-מגן[30]. קדם לו המגזין "פני אישה" בעריכת איילת קדם ואחריה רוני שוב.
אותיות - עיתון ילדים ונוער. פרי איחוד שנעשה בשנת ה'תשע"א בין המוסף "מקור לילדים" לבין עיתון הילדים והנוער הדתי הוותיק אותיות. תחילה נקרא העיתון המאוחד "אותיות לילדים", ולאחר מכן חזר להיקרא "אותיות, עיתון מבית "מקור ראשון"". הגיליון הראשון של "מקור לילדים" הופיע בכ"ז בכסלו תשס"ה, 10 בדצמבר 2004. העורכות היו אתי אלבוים ואורית זימר. בשנים שקודם לכן הופיע מדור לילדים בן שני עמודים במוסף "דיוקן". עורכו בשנותיו האחרונות היה אהוד מקסימוב. ובין כותביו היו שושי גרינפלד, יואל חייט, יוסי שחר ואבינדב ויתקון.
סוכריות - עיתון לגיל הרך. ידוע כעיתון-האח של "אותיות".
מוסף "שבת" של "מקור ראשון" הוא מוסף בנושאי הגות, ספרות ומחשבה תורנית היוצא מאז שנת תשס"ד (2004). עורך המוסף מאז הקמתו ועד שנת תשע"ב היה יואב שורק, העורך כיום הוא הרב אלחנן ניר[31] ועורך מדור ביקורת הספרים הוא ד"ר שמואל פאוסט.
מוסף 'שבת' משלב תכנים יהודיים מובהקים עם תכנים ספרותיים ואמנותיים כלליים - במתכונת דומה למוסף "תרבות וספרות" של עיתון הארץ. תחומי עיסוקו רחבים יותר ממוסף ספרותי רגיל, וכן היקפו - 24 עמודים כמעט לכל אורך שנות הופעתו. המוסף זוכה להערכה רבה ונחשב במה מכובדת, שבה מפרסמים סופרים, משוררים, מתרגמים, חוקרים, ותלמידי חכמים באופן שוטף, והוא משמש גם במה לפרסום סיפורים קצרים ושירה. פורמט המוסף עבר שינויים קלים בלבד מאז הופיע לראשונה. בשער מופיעה יצירת אמנות (ציור או צילום) ובצידה ציטוט[32].
תקופה קצרה המוסף יצא במתכונת דומה כמוסף התרבות של העיתון מעריב בשם "ערב שבת", והכיל חומרים ייחודיים ובהם טור שבועי של דב אלבוים ואת טורו של יאיר שלג. המדורים במוסף הם: מאמר קבוע על פרשת השבוע שכותבו משתנה מחומש לחומש; "ערכים מלקסיקון יהודי" - מדורו של הפרופ' שלום רוזנברג; מדור ביקורת שירה של יונתן ברג; מדור ביקורת מוזיקה של עמיחי חסון; "לפנאי ולפנים" – טור של חיותה דויטש; "בשפה אחרת" - סקירה חודשית של כתבי עת מן העולם מאת זאב שביידל; "ישן מפני חדש" טור ספרים של אדמיאל קוסמן; מדור העוסק ברבנות בקהילות יהודיות בעולם אותו כותב הרב אליהו בירנבוים.
ביקורת
הקו הליברלי של העיתון בענייני אמונה, הלכה וצניעות ספג ביקורת מכמה גורמים בציבור הדתי לאומי. בסיווןתשע"א פרסם הרב ישראל רוזן מאמר ביקורת על מוסף 'שבת' של העיתון בעלון שבת בשבתו, ובו כינה את המוסף "קונסרבטיבי" ואת עורכו, יואב שורק, "מטיף ומדיח"[33]. בטבתתשע"ז התייחס הרב שמואל טל בריאיון לעלון עולם קטן לפניו הנוכחיות של העיתון אותו הקים, ביקר את אי-מחויבותו של העיתון להלכה, את היותו במה למאמרי כפירה, ואת רמת הצניעות שלו; ואמר שהוא גרוע בעיניו הרבה יותר מאשר עיתון חילוני מוצהר[34]. בתגובה לדברי הרב טל, טען עורך העיתון חגי סגל כי אין שחר לטענות[35]. למאמר הגיבו הרב ארל'ה הראל[36] והרב הראל דביר[37] אשר חיזקו את דברי הרב טל וענו לטענותיו של חגי סגל.
בספטמבר 2011, עשרות מודעות נתלו באזור יהודה ושומרון נגד העיתון, עקב עמידתו הנחרצת באותה תקופה נגד פעולות "תג מחיר" שנקטו פעילי נוער הגבעות[38].
בדצמבר 2019 פרסם העיתון כתבה על מהגרים מוסלמים ברובע נויקלן בברלין. עיתונאי ישראלי שביצע בדיקת עובדות לכתבה טען שמצא שהכתבה "מפריזה בחשיבותן של בעיות קיימות, ומלאה בשקרים והמצאות", לטענתו הכתבה כללה נתונים שגויים אודות מערכת החינוך בעיר, אחוז האבטלה בקרב תושבי השכונה, ומעורבותם בפשע ובטרור. כל אלה נופחו, לדבריו, על מנת להסית ולזרוע פחד כלפי ערבים ומוסלמים[39][40].
^במשך שבע שנים הציטוט היה כזה המתייחס ליום השבת - אמרת חז"ל, קטע ספרות, סיפור חסידי או טקסט הגותי, תחת הכותרת "לקראת כלה". מאז תשע"ג הוחלף המדור ב"למעלה מן החול" - אף כאן קטע הגותי או ספרותי קצר, אך בלי קשר לשבת דווקא.