הישיבה הוקמה בזמן קיץ ה'תש"ע במודיעין עילית. בגרעין התלמידים הראשון היו כעשרים בחורים, רובם מישיבת באר יעקב.
עם תחילת זמן חורףה'תשע"א עברה הישיבה לבית חלקיה. בית המדרש וחדרי האוכל והשיעורים שכנו במרכז המושב, בשנת ה'תשע"ד הוקצה לישיבה מגרש בכניסה למושב. בעבר שכנו חלק מהפנימיות במבנים זמניים בשטח זה. לאחר מכן החלה במקום בנייה של קריית הישיבה. בשנת הלימודים תשפ"א נכנסה הישיבה לבית המדרש הקבוע הנמצא בקצה המושב.
דרך הלימוד בישיבה מבוססת על דרכו הלימודית של הרב משה שמואל שפירא. מלבד התלמידים הצעירים ששומעים שיעור יומי מהר"מים, אף הבחורים המבוגרים, כולל בני הקיבוץ והאברכים, שומעים שיעור יומי מראש הישיבה הרב אריה שפירא.
צוות
בראשות הישיבה עמד הרב נפתלי צבי יהודה שפירא, עד לפטירתו ב־2024. יחד עם אחיינו, הרב אריה שפירא, הנחשב לדמות הדומיננטית בישיבה. המשגיחים הם הרב אברהם רוזנבוים, הרב יעקב שמעון שטרנשוס (-דרשן מוכר וידוע במגזר החרדי, מוסר שיחות בהיכלי תורה רבים).
הר"מים של שיעור א' הם הרב ישראל יעקב פינקוס – רב הקהילה החרדית באופקים וכן הרב משה אלעזר מרק חתנו של רבה של מודיעין עילית הרב מאיר קסלר. הר"מים של שיעור ב' הם הרב יוסף פישהוף – לשעבר ראש ישיבת סלאנים בבני ברק והרב חיים וניט, והרב בן ציון רפאל שפירא, בנו של מייסד הישיבה, המשמש כר"מ אך ורק בזמן חורף.
בקיץ ה'תשפ"א נפתחה ישיבה חדשה בשם ״בית רפאל״ בעיר ביתר עילית כאשר גרעין התלמידים הראשוני הורכב ברובו מתלמידי ישיבת שערי שמועות.
בשנת תשפ"ד נפטר אחד מראשי הישיבה הרב נפתלי צבי שפירא, לאחר מחלה ארוכה ממנה סבל שנים רבות.
הישיבה מתייחדת בצוות צעיר (מרבית רבני הישיבה לא עברו את גיל ה50), קשר עמוק בין הרבנים לתלמידים. דרך הלימוד היא כשיטת 'בריסק' רך במסכתות הישיבתיות (נשים ונזיקין)[2]
מכון מבקשי שמועה
הישיבה מחזיקה מכון להוצאת ספרים, שאותו מנהלים בחורים. המכון מוציא לאור שיעורים הנמסרים בישיבה ועוד. חלק מהפרסומים יוצאים לאור לקראת אירוע המתרחש בישיבה או כתשורה לתורמי הישיבה לקראת החגים.
במסגרת המכון יצאו לאור:
סדרת בית שערים – סדרה בת שלושה כרכים המכילים בעיקר את שיעורי ראש הישיבה הרב נפתלי צבי יהודה שפירא.