בנוסף למסלול ההסדר, כוללת הישיבה גם כולל בו לומדים לקראת בחינות של הרבנות הראשית לרבנות ולדיינות, ומכון הוראה למורים שהוא שלוחה של מכללת מורשת יעקב שברחובות. בישיבה מופעלת גם תוכנית לתלמידי חו"ל וכן את "השלוחה" המיועדת לבחורים שהגיעו מרקע פחות תורני. בשנת 2003 הקים הרב גרשון שחור המכהן כיום גם כראש הישיבה התיכונית בשעלבים את "השלוחה" בשעלבים בה לומדים תורה במסלול "הסדר".
הישיבה התיכונית
הישיבה תיכונית הוקמה על ידי הרב יעקב צור בשנת 1971, מונה כיום כ-400 תלמידים והיא מן הישיבות הוותיקות והחשובות של הציבור הדתי לאומי. ראש הישיבה כיום הוא הרב גרשון שחור (בוגר ישיבת ההסדר). מנהל התיכון היה מאיר יעקובוביץ שנשא בתפקיד זה כמעט מהיווסדה של הישיבה,עד שפרש בשנת התשע"ב לגמלאות.מחליפו בתפקיד היה הרב ניסים כהן, שפרש בשנת התשפ"ג לגמלאות. כיום מנהל הישיבה התיכונית הוא הרב ד"ר חיים שרקי.
הישיבה הוקמה על ידי הרב יעקב צור, בוגר ישיבת הדרום שברחובות וישיבת חברון, כישיבה קטנה, מאוחר יותר בשנת 1971 הפך אותה לישיבה תיכונית. הוא כיהן כראש ישיבה עד פרישתו לגמלאות בשנת תשנ"ז, אז החליף אותו הרב שמואל אקשטיין, בוגר ישיבת מרכז הרב, ששימש שנים רבות כר"מ בישיבה. הרב אקשטיין כיהן כראש הישיבה עד שנת תשס"ה. בשנים תשס"ו-תשס"ז כיהן בתפקיד הרב אליקים פרנקל כראש הישיבה, בשנת הלימודים תשס"ח חזר הרב אקשטיין לתפקיד, ובשנת הלימודים תש"ע נכנס לתפקיד ראש הישיבה הרב גרשון שחור.
תלמידי י"ב בישיבה מתנדבים בבתי ספר ומעונות במודיעין. במהלך השנים זכתה על כך הישיבה בפרסים מטעם משרד החינוך. בכל שנה יוצאת משלחת של תלמידי כיתות י"א למסע בפולין ולביקור במחנות ההשמדה. המסע נערך בתקופת הקיץ בהובלתם ובהדרכתם של הרב אריה הנדלר, ושל היועץ החינוכי של הישיבה התיכונית- בנצי (בן ציון) רפפורט, - שניהם מדריכים ותיקים מוכרים על ידי "יד ושם". כמו כן חלק מתלמידי הישיבה יוצאים לפעילות של "מעייני הישועה" וגמ"ח "עזר איילון".
הישיבה מדגישה את לימוד הגמרא, בעיון ובבקיאות ומתקיימים בה שיעורי העשרה באמונה .
חטיבת הביניים
חטיבת הביניים נוהלה שנים רבות על ידי הרב צבי ארנטל - משנות ה-80 ועד שנת 2012. בשנת הלימודים התשע"ג החליף אותו הרב נריה גמליאל, ר"מ ותיק בחטיבה, בשנת הלימודים התשע"ד קיבל הרב אלעד יצהרי, בוגר הישיבה התיכונית ר"מ ורכז החינוך החברתי, את תפקיד ניהול החטיבה. ובשנת הלימודים התשע"ח קיבל
הרב יוסף הנדלר שאף הוא בוגר החטיבה את המושכות לידיו. בשנת תש"פ מונה לתפקיד הרב שמואל קאופמן
כיום יש בחטיבה כ-200 תלמידים מכל רחבי הארץ.
אולפנה
אולפנת שעלבים הוקמה בשנת תש"ס על ידי הרב אמיר אדרעי, שעמד בראשה בארבע שנותיה הראשונות. אחריו כיהן בתפקיד הרב ישי מאיר, ובשנת תשפ"ב החליפה אותו הרבנית מיכל ורד. בשנת תשפ"ד החליפה אותה הרבנית דבורה כץ. מנהל התיכון הוא מרדכי נייהוז. באולפנה לומדות כ־600 בנות.
מכון ע"ש שלמה אומן
מכון בראשות הרב יואל קטן, מטרתו היא להוציא לאור כתבים יהודיים ישנים שנעלמו ממדף הספרים היהודי, או לההדיר ספרים ישנים. בין השאר מוציא המכון את כתב העת "המעיין".
בניגוד למודל הישיבה התיכונית, אשר משלבת לימודי קודם עם לימודי חול, בישיבה הקטנה נלמדים במשך שלוש השנים הראשונות לימודי קודש בלבד, ורק בשנה הרביעית מתקיים שילוב של לימודי חול בזמן של סדר צהרים ולעיתים גם סדר ערב, והוצאת תעודת בגרות. הישיבה מעודדת את רוב התלמידים להוציא תעודת בגרות, ובכך היא נבדלת מהישיבות הקטנות בעולם החרדי, אך בדומה לישיבות החרדיות, הישיבה מייעדת את בוגריה להמשיך את לימודם בישיבות גבוהות, וכן למקד את עיקר הווייתם של הלומדים בה ללימוד תורה ולחיי תורה.