Marie-Amélie naquit avec le titre d'archiduchesse d'Autriche au palais de Hofburg à Vienne, environ onze semaines après la mort de son frère Léopold Joseph, qui était le seul héritier mâle de l'empereur Joseph Ier. Après elle, sa mère ne put avoir aucun autre enfant, probablement parce que l'empereur avait attrapé la syphilis avec l'une de ses maîtresses et l'avait transmise à sa femme, la rendant stérile. Joseph Ier avait en effet de nombreuses maîtresses parmi les servantes comme parmi les femmes de la noblesse, et plusieurs enfants illégitimes. La mère de Marie-Amélie, Wilhelmine-Amélie de Brunswick-Lunebourg, était la sœur de la duchesse de Modène, et une femme très pieuse.
Quand Marie-Amélie eut onze ans, Joseph Ier mourut de la petite vérole, et son frère Charles VI lui succéda sur le trône. Charles ignora un décret signé par leur père Léopold Ier, qui donnait à Marie-Amélie et sa sœur aînée Marie-Josèphe la préséance pour la succession en tant que filles du fils aîné de Léopold Ier. À la place, Charles VI promulgua la Pragmatique Sanction en 1713, qui plaçait sa propre fille Marie-Thérèse en première place pour la succession, devant Marie-Josèphe et Marie-Amélie. Les deux archiduchesses ne furent pas autorisées à se marier avant d'avoir renoncé à leurs droits à la succession.
Mariage
Marie-Amélie d'Autriche fut proposée comme épouse pour le prince de Piémont Victor-Amédée, héritier du royaume de Sicile et du duché de Savoie. L'union devait améliorer les relations entre la Savoie et l'Autriche, mais elle fut refusée par le duc régnant Victor-Amédée II de Savoie. Le jeune prince Victor-Amédée mourut de la petite vérole en 1715.
Après avoir accepté de reconnaître la Pragmatique Sanction, Marie-Amélie épousa Charles, Électeur de Bavière le à Munich. L'opéra I Veri Amici (Les Vrais Amis) de Tomaso Albinoni fut joué lors du mariage[1]. Ils vécurent au palais de Nymphenburg à Munich, et eurent sept enfants ; Charles eut également six enfants illégitimes. En , Charles fut couronné empereur du Saint-Empire romain germanique et Marie-Amélie devint impératrice.
Giacomo Casanova raconte dans le volume cinq de son Histoire de ma vie :
« Le confesseur, qui était un Jésuite, me reçut aussi mal que possible. Il dit en passant que ma réputation était bien connue à Munich. Je lui demandai fermement si c'était en bien ou en mal, et il ne me répondit pas. Il se contenta de partir, et un prêtre me dit qu'il allait vérifier un miracle dont tout Munich parlait : « L'Impératrice, la veuve de Charles VII, dont le corps est toujours exposé au public, a les pieds chauds alors qu'elle est morte. » Il me disait que je pouvais aller vérifier le prodige par moi-même. Très impatient de pouvoir enfin déclarer que j'avais été témoin d'un miracle, et d'un qui était d'un grand intérêt pour moi puisque mes propres pieds étaient toujours glacés, j'allai voir l'illustre cadavre, dont les pieds étaient effectivement chauds, mais c'était à cause d'un poêle chaud placé tout près de Sa défunte Majesté Impériale. »
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre est strictement chronologique et défini par la date de naissance.