Fort éloignée du trône, elle est d'abord nommée abbesse séculière d'un chapitre de dames nobles, mais doit, à 21 ans, abandonner la vie confortable et sage d'une chanoinesse pour épouser le Alphonse XII d'Espagne. Ce mariage avait été favorisé par l'infanteMarie-Isabelle d'Espagne, sœur aînée du roi et veuve du prince Gaëtan de Bourbon-Siciles, cousin germain de l'archiduchesse.
Ayant récupéré le trône de ses ancêtres en 1874 après une période d'anarchie, le jeune roi était veuf de la très populaire infante Mercedes de Bourbon et Orléans dont il avait été très amoureux.
Faute de candidates — le roi avait espéré épouser Marie-Christine d'Orléans, sœur de sa défunte femme, mais la promise était morte peu après la célébration des fiançailles — le fringant Alphonse XII se remaria contraint et forcé avec Marie-Christine d'Autriche et la trompa copieusement. En rencontrant sa fiancée et sa future belle-famille, il aurait dit à un de ses proches « La mère me plaît énormément mais c'est la fille que je dois épouser ». La reine Marie-Christine donna d'abord deux filles à son époux. Elle était enceinte pour la troisième fois quand elle devint veuve à l'âge de 27 ans.
Le roi Alphonse XIII, 4 ans, sur un timbre philippin (1890)
Régente de 1886 à 1902 d'un royaume en proie à l'anarchie — assassinat du Premier ministreManuel Cánovas del Castillo en 1897 — elle se fait apprécier de ses sujets par sa grande dignité, sa hauteur morale et sa conduite irréprochable qui la distinguent des reines d'Espagne de la maison de Bourbon qui l'ont précédées.
Le mariage fut endeuillé par un attentat anarchiste qui fit des dizaines de victimes. Comme sa cousine, la tsarine de Russie Alexandra Féodorovna, Victoria-Eugénie transmit à ses fils aînés le gène de l'hémophilie, ce qui, à l'époque, leur laissait peu de chance de survie et brisa le couple royal. Par prudence politique, le roi obligea plus tard ses deux aînés à renoncer à leurs droits en faveur de leur cadet l'infant Jean, comte de Barcelone.
Prenant pour marraine l'ex-impératrice des Français Eugénie, la jeune femme s'était convertie au catholicisme à la différence de sa cousine Béatrice de Saxe-Cobourg-Gotha qui, n'étant pas appelée à ceindre la couronne, conserva le luthéranisme de son enfance en épousant en 1909 le duc de Galliera, cousin germain du roi.
Par ailleurs, le roi entretint avec cette cousine une relation qui fit jaser. La reine convoqua à Saint Sébastien la duchesse et lui enjoignit de quitter l'Espagne. La duchesse refusant d'obtempérer, la reine douairière obtint de son fils l'exil de la duchesse scandaleuse. Cependant, le roi permit bientôt à sa cousine de revenir sur le territoire espagnol[réf. nécessaire].
La Première Guerre mondiale et l'entre-deux-guerres
L'Espagne demeura neutre durant la Grande Guerre et en 1916, la reine-douairière fit nommer le duc de Galliera, son neveu, à l'ambassade d'Espagne à Berne. On prétendait en effet que la duchesse de Galliera, bien que membre de la famille royale et cousine germaine de la reine Victoire-Eugénie, était la maîtresse du roi.
Dans les années 1920, après la mort en exil de l'empereur Charles Ier d'Autriche, la reine Marie-Christine incita son fils à accueillir la jeune impératrice-douairière Zita d'Autriche, qui était sans ressources et avait huit enfants.
Marie-Christine de Habsbourg-Lorraine-Teschen mourut en 1929 âgée de 70 ans.
Deux ans plus tard, son fils dut partir en exil et la république fut proclamée avant de sombrer dans les horreurs de la guerre civile. Elle est l'arrière-arrière-grand-mère du roi actuel Felipe VI.
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre est strictement chronologique et défini par la date de naissance.
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