Ses frères n'ayant pas de descendance, Henriette devient donc duchesse de Nevers et comtesse de Rethel.
Âgée de 23 ans, elle épousa, le à Moulins, en Bourbonnais, Louis de Gonzague, alors âgé de 25 ans, prince de Mantoue, naturalisé français, qui combattait les troupes espagnoles au service du roi Charles IX. Ils avaient tous deux un point commun familial : leurs grand-mères, Françoise d'Alençon pour Henriette et Anne d'Alençon pour Louis, étaient sœurs. Ils eurent cinq enfants :
Charles (1580-1637) qui succèdera à ses parents à la tête des duchés de Nevers et Rethel, puis deviendra duc de Mantoue et de Montferrat
En 1581, eu égard aux services rendus par Louis aux rois de France Charles IX et Henri III, ce dernier érige le comté de Rethel en duché au bénéfice de Louis.
Henriette de Nevers joue un rôle non négligeable dans le roman La Reine Margot d'Alexandre Dumas (1844-1845). "Cette belle et rude catholique"[1] est le prototype même de l'aristocrate libre :
- Non pas ! non pas, Henriette ! allons chez toi ; le duc de Guise n'y est pas, ton mari n'y est pas ?
- Oh ! non ! s'écria la duchesse avec une joie qui fit étinceler ses beaux yeux couleur d'émeraude ; non ! ni mon beau-frère, ni mon mari, ni personne ! Je suis libre, libre comme l'air, comme l'oiseau, comme le nuage... Libre, ma reine, entendez-vous ? Comprenez-vous ce qu'il y a de bonheur dans ce mot : libre ?... Je vais, je viens, je commande ! Ah ! pauvre reine ! vous n'êtes pas libre, vous[2] !
Elle est une grande amie de Marguerite de Valois, dite la reine Margot et a pour amant, dans le roman, le très catholique Coconnas qui perdra la vie avec son ami La Môle (Ils seront décapités tous les deux)
« Madame de Nevers qui arrivoit, leur crie : Ne vous fachez point ; faisons la retraite. Savez vous pas bien que les bossues et les boiteuses doivent estre au cul de la procession ? » (édition de Prosper Mérimée, p. 301).
