Le prince Lobkowitz, premier ministre de l'Empereur, partisan d'Éléonore, s'efforce de compromettre la candidature de Claude-Félicité, mais en vain, car cette dernière est finalement choisie dans la mesure où elle est membre de la Maison de Habsbourg. Ainsi le Tyrol retourna-t-il sans difficulté dans les possessions de l'empereur.
La nouvelle impératrice se venge impitoyablement de l'homme qui a failli lui faire perdre une couronne. Accusé entre autres d'un commerce secret avec la France, le prince est conduit prisonnier à Ratnitz en Bohême (1674).
Toutefois, Claude-Félicité meurt prématurément en 1676, et cette fois, la candidature d'Éléonore est agréée. Devenue impératrice, elle saura se souvenir du prince Lobkowitz, en faisant élever les enfants du ministre disgracié aux premiers honneurs de la Cour Impériale.
Une épouse et une souveraine exemplaire
Très proche de son mari qui lui est fidèle, elle le soigne elle-même pendant ses maladies.
Fait exceptionnel, l'empereur et l'impératrice assistent personnellement dans ses derniers moments le frère capucinMarc d'Aviano qui a été un soutien efficace des souverains pendant les moments difficiles du règne.