Filho do tenente Antônio de Almeida, e de Josefina Maria de Almeida. Seu pai morreu quando Manuel Antônio tinha dez anos de idade. Concluiu a Faculdade de Medicina em 1855, mas nunca exerceu a profissão. Dificuldades financeiras o levaram ao jornalismo e às letras.
Quando tinha por volta de vinte anos, sua mãe faleceu.
Em 1858 foi nomeado diretor da Tipografia Nacional, onde conheceu o jovem aprendiz de tipógrafo Machado de Assis.
Procurou iniciar a carreira na política. Quando iria fazer as primeiras consultas entre os eleitores, morreu no naufrágio do navio Hermes, em 1861, na costa fluminense.
Obra
Memórias de um sargento de Milícias, de 1852, foi seu único livro. Retrata as classes média e baixa, algo muito incomum para a época, na qual os romances retratavam os ambientes aristocráticos. A experiência de ter tido uma infância pobre influenciou Manuel Antônio de Almeida no desenvolvimento de sua obra.
Escreveu também a peça de teatro Dois Amores em 1861, que foi apresentada após a sua morte, com música da Condessa Rosawadowska, sem alcançar sucesso.
Também escreveu crônicas, críticas, artigos, etc., publicadas em jornais da época e que foram reunidas em livro, em 1991, por Bernardo de Mendonça a partir da pesquisa de fontes primárias, a começar pelo jornal Correio Mercantil, do Rio de Janeiro. A Obra Dispersa de Manuel Antônio de Almeida reúne não só a colaboração dispersa em jornais e a opereta Dois Amores, mas três antologias complementares: a correspondência ativa, descoberta entre os recentes anos 50 e 60, dirigida a Quintino Bocaiuva, Francisco Ramos da Paz e José de Alencar; os depoimentos de contemporâneos, como Francisco Otaviano, Machado de Assis, Augusto Emílio Zaluar, Félix Ferreira, Joaquim Manuel de Macedo; e, por fim, uma mostra das hesitações críticas nas leituras pré-modernistas das Memórias de Um Sargento de Milícias.
Bernardo de Mendonça, "D'Almeida, Almeida, Almeidinha, A., Maneco, Um Brasileiro: mais um romance de costumes", in Obra Dispersa de Manuel Antônio de Almeida. Rio de Janeiro, Graphia, 1991.