Na de dood van zijn vader in 1481 werd zijn oudere broer Johan koning van Denemarken. In de hertogdommen Sleeswijk en Holstein namen ze echter gezamenlijk de regering over. Bij Frederiks volwassenheid in 1490 werden de beide hertogdommen verdeeld onder de broers, waarbij Frederik het deel Gottorf kreeg.
Huwelijk en kinderen
In 1502 trouwde hij (1) met Anna van Brandenburg. Samen hadden zij twee kinderen:
Anna stierf al jong, op 26-jarige leeftijd in 1514.
Vier jaar na het overlijden van Anna trouwde Frederik (2) met Sophia, een dochter van hertog Bogislaw X van Pommeren.
Samen hadden zij nog zes kinderen:
In 1523 werd Frederiks neef, Christiaan II, door de edelen gedwongen om af te treden, en Frederik besteeg de troon als Frederik I. Ook de hertogdommen Sleeswijk en Holstein kwamen toen geheel onder zijn bestuur.